甲方代发农民工工资超过5000元，主要存在以下风险：

1. 税务合规风险：

   • 个人所得税代扣代缴义务：根据《中华人民共和国个人所得税法》及相关规定，甲方作为工资支付方，有义务代扣代缴农民工的个人所得税。若工资超过5000元，超出部分需按相应税率计算并代扣代缴个税。若甲方未履行此义务，可能面临税务机关的处罚，包括补缴税款、滞纳金及罚款等。
   • 税务申报与记录：甲方需确保准确记录并申报代发的工资信息，包括工资总额、代扣代缴的个税等。若记录不完整或申报不准确，同样可能引发税务风险。

2. 劳动法律关系风险：

   • 劳动关系认定：虽然甲方代发工资，但农民工的实际劳动关系可能仍与乙方（如承包商、分包商）存在。然而，若甲方在代发工资过程中涉及过多管理职责，如招聘、解雇、工作安排等，可能被认定为与农民工存在事实劳动关系，从而承担相应的劳动法律责任，如支付加班费、经济补偿金等。
   • 工资支付责任：若甲方代发的工资存在拖欠、不足额支付等问题，农民工可能将甲方视为支付主体，要求甲方承担支付责任。尽管实际责任可能在于乙方，但甲方仍可能因代发行为而卷入劳动纠纷。

3. 合同与协议风险：

   • 代发协议条款：甲方与乙方之间应签订明确的代发工资协议，明确双方的权利义务、工资标准、支付方式、违约责任等。若协议条款不明确或存在漏洞，可能导致双方在代发过程中产生争议。
   • 协议履行监督：甲方需监督乙方是否按照协议约定提供农民工的工资清单、考勤记录等必要信息。若乙方未提供或提供的信息不真实，甲方可能因无法准确代发工资而承担责任。

4. 声誉与信用风险：

   • 农民工满意度：若甲方代发的工资存在问题，如拖欠、不足额支付等，可能影响农民工对甲方的满意度和信任度，进而对甲方的声誉和信用造成负面影响。
   • 合作伙伴关系：若甲方因代发工资问题与乙方产生争议或纠纷，可能影响双方之间的合作伙伴关系，甚至导致合作终止。

针对以上风险，建议甲方采取以下措施：

• 完善税务合规流程：确保准确计算并代扣代缴农民工的个人所得税，及时申报并缴纳税款。
• 明确劳动法律关系：在代发工资协议中明确双方的权利义务，避免涉及过多管理职责，以减少被认定为事实劳动关系的风险。
• 加强合同与协议管理：签订明确的代发工资协议，并监督乙方按照协议约定提供必要信息。
• 建立沟通与反馈机制：与农民工和乙方保持密切沟通，及时了解并解决代发过程中出现的问题。

若您在代发农民工工资过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。