若结算金额超过甲方代发的农民工资，可按以下方式处理：

1. 核查合同与代发协议
   首先需仔细核查与甲方签订的合同、代发协议或相关文件，明确双方约定的结算方式、金额计算标准及代发范围。若合同中已明确约定结算金额的计算方式（如工程量、单价等），且实际结算金额确实超出代发工资部分，需区分超支部分是否属于合同约定的其他费用（如材料费、管理费等）。若超支部分属于合同外费用，需进一步分析是否因甲方变更工程量、设计调整等原因导致，并收集相关证据（如变更通知、签证单等）。

2. 与甲方协商沟通
   若超支部分属于合理范围（如因工程量增加导致），应及时与甲方沟通，提供结算依据（如工程量清单、单价表、验收单等），要求甲方按实际完成工作量支付款项。若甲方拒绝支付，可要求其出具书面说明，明确拒绝理由及依据，为后续维权保留证据。若超支部分因自身计算错误或合同条款理解偏差导致，可主动与甲方协商调整结算金额，避免纠纷升级。

3. 通过法律途径解决
   若协商无果，且超支部分有充分证据支持（如合同、签证单、结算单等），可向甲方发送《律师函》，明确要求其按约定支付款项，并设定合理期限。若甲方仍不履行，可依据《民事诉讼法》向法院提起诉讼，或根据合同约定申请仲裁，要求甲方支付超支部分款项及可能产生的违约金、利息等。诉讼或仲裁过程中，需重点证明：

   • 双方存在合法有效的合同关系；
     
   • 己方已按约定完成工作量；
     
   • 结算金额的计算依据充分、合理；
     
   • 甲方未支付款项构成违约。

4. 注意农民工资的优先性
   根据《保障农民工工资支付条例》，农民工工资具有优先受偿权。若甲方代发的工资部分未足额支付，需优先确保农民工工资到位，避免因拖欠工资引发劳动监察部门介入或农民工集体维权。若超支部分涉及农民工工资，需与甲方、农民工代表共同核对工资明细，确保工资发放准确无误，剩余部分再按合同约定处理。

建议：处理此类问题时，务必保留所有书面证据（合同、协议、结算单、沟通记录等），并咨询专业律师协助分析合同条款、计算结算金额，制定合理的维权策略。若涉及农民工工资，需优先协调工资发放，避免引发群体性事件。