工会经费5000元能否立案，需结合具体案件性质及法律程序进行判断，无法直接给出“能”或“不能”的绝对结论。以下从不同法律角度展开分析：

一、民事纠纷角度：满足起诉条件即可立案

若工会经费纠纷属于民事争议（如工会与会员、用人单位之间的经费返还、使用争议），则立案标准与金额无关，关键在于是否满足《民事诉讼法》规定的起诉条件：

1. 原告与案件有直接利害关系：例如工会作为原告，主张会员未缴纳经费；或会员作为原告，主张工会违规使用经费。
2. 有明确的被告：如具体会员、用人单位或工会组织。
3. 有具体的诉讼请求和事实理由：需明确主张的金额（如5000元）、依据（如工会章程、合同条款）及证据（如缴费记录、使用凭证）。
4. 属于法院受理范围且受诉法院有管辖权：例如劳动争议需先经劳动仲裁，对仲裁结果不服方可起诉。

结论：若符合上述条件，即使争议金额为5000元，法院也会依法立案。例如，会员欠缴5000元工会经费，工会持缴费通知、会员签字确认的章程等证据起诉，法院将受理。

二、刑事犯罪角度：5000元可能达到部分犯罪立案标准

若工会经费纠纷涉及刑事犯罪（如挪用资金、职务侵占），则需根据《刑法》及司法解释判断是否立案：

1. 挪用资金罪：根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理贪污贿赂刑事案件适用法律若干问题的解释》，挪用资金归个人使用，进行非法活动，数额在6万元以上的，才构成犯罪；进行营利活动或超过三个月未还，数额在10万元以上的，才构成犯罪。因此，单纯挪用5000元工会经费，未达到刑事立案标准。
2. 职务侵占罪：同理，职务侵占数额在6万元以上的，才构成犯罪。5000元通常不立案，但可能涉及治安管理处罚（如《治安管理处罚法》规定的“盗窃、诈骗、哄抢、抢夺、敲诈勒索”行为，若数额较小可处拘留、罚款）。

例外情形：若5000元涉及多次挪用、侵占，或与其他违法事实合并认定，可能达到立案标准。例如，行为人短期内多次挪用工会经费，累计数额超过6万元，则可能被立案追诉。

三、行政争议角度：需符合行政诉讼立案要求

若工会经费纠纷涉及行政行为（如劳动行政部门对工会经费使用的监管、处罚），则需根据《行政诉讼法》判断是否立案：

1. 原告是认为行政行为侵犯其合法权益的公民、法人或其他组织：例如工会认为劳动行政部门对其经费使用处罚不当。
2. 有明确的被告：即作出行政行为的行政机关。
3. 有具体的诉讼请求和事实理由：需明确主张撤销、变更行政行为的具体理由及证据。
4. 属于法院受案范围且受诉法院有管辖权：例如对县级以上地方人民政府所作行政行为提起的诉讼，由中级人民法院管辖。

结论：若符合上述条件，即使争议金额为5000元，法院也会受理行政诉讼。例如，工会认为劳动行政部门对其经费使用处罚过重，持处罚决定书、经费使用合规证据等起诉，法院将依法审查。

法律建议

1. 明确纠纷性质：先判断是民事争议、刑事犯罪还是行政争议，再选择对应法律程序。
2. 收集证据：无论金额大小，证据是立案关键。例如民事纠纷需收集合同、缴费记录；刑事犯罪需收集资金流向、证人证言；行政争议需收集行政行为文书、合规证明。
3. 咨询专业律师：工会经费纠纷可能涉及劳动法、刑法、行政法等多领域交叉问题，建议直接向我咨询，我会结合具体案情提供法律方案。

总结：工会经费5000元能否立案，取决于纠纷性质及是否满足对应法律程序的立案条件。民事纠纷满足起诉条件即可立案；刑事犯罪通常需达到更高数额标准；行政争议需符合行政诉讼要求。建议根据具体情况，依法维护权益。