违规发放工会经费5000元，需根据具体违规情形采取相应处理措施，核心结论如下：

1. 若违规发放属于程序性瑕疵（如未履行民主程序、超范围使用但未造成重大损失）

   • 处理方式：由上级工会或本单位工会委员会责令整改，要求收回违规发放的款项并补全程序。例如，若未召开会员大会表决即发放福利，需补充会议记录并公示。
     
   • 法律依据：根据《工会法》第四十四条，工会经费使用需接受会员监督，违反程序可能被要求限期改正。
     
   • 实务建议：立即停止违规行为，完善审批流程，留存整改证据（如会议纪要、签收单），避免问题扩大。

2. 若违规发放涉及贪污、挪用或严重超标（如虚构项目套取经费）

   • 处理方式：可能构成职务侵占或挪用资金罪，需移交司法机关处理。5000元虽未达刑事立案标准（通常为6万元以上），但若存在多人串通、长期违规等情节，可能被认定为“情节严重”。
     
   • 法律依据：根据《刑法》第二百七十一条（职务侵占罪）和第二百七十二条（挪用资金罪），数额较大或情节严重可处三年以下有期徒刑。
     
   • 实务建议：立即自查资金流向，主动向单位纪检监察部门或上级工会报告，配合调查并退还全部款项，争取从轻处理。

3. 若违规发放因财务制度漏洞导致（如未单独建账、混同管理）

   • 处理方式：由财政部门或审计机关责令限期整改，要求建立独立工会账户并规范核算。例如，将工会经费与行政经费混用，需调整账目并补缴税款（如涉及个税）。
     
   • 法律依据：根据《基层工会经费收支管理办法》，工会经费需独立核算，违反规定可能被处以罚款或通报批评。
     
   • 实务建议：聘请会计师事务所审计工会账目，完善内控制度，定期向会员公开经费使用情况。

补充说明：

• 若违规行为已造成工会资产损失，责任人需承担赔偿责任（《工会法》第四十六条）。
  
• 单位可制定《工会经费使用负面清单》，明确禁止性行为（如发放现金补贴、购买奢侈品等），降低合规风险。
  

如有具体情节（如发放对象、资金用途等），可进一步提供细节，我将为您定制处理方案。