建设工程施工结算纠纷的管辖权，一般遵循不动产专属管辖原则，由工程所在地的人民法院管辖。以下是对此问题的详细分析：

一、专属管辖原则

根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，建设工程施工合同纠纷属于不动产纠纷的一种，因此应当适用不动产专属管辖原则。这意味着，无论双方当事人在合同中如何约定管辖法院，只要涉及建设工程施工合同纠纷，就应当由工程所在地的人民法院管辖。这一原则的确立，主要是为了便于法院进行现场勘验、调查取证和执行程序，从而更有效地解决纠纷。

二、工程结算协议的性质

工程结算协议是发包人与承包人对工程价款结算后签订的协议。虽然双方当事人因工程款支付发生的纠纷可能直接源于结算协议，但基础法律关系仍是建设工程施工合同关系，并非单纯的债权债务关系。因此，当事人对此提起诉讼的，仍然应当由不动产所在地法院专属管辖。这一点在最高人民法院的案例和法官会议纪要中均得到了明确。

三、特殊情况下的管辖权

1. 合同无效的情况：即使施工合同无效，也不改变管辖规则。因为合同效力不影响管辖认定，施工合同无效但工程验收合格的，承包人仍有权主张折价补偿，该权利主张仍属建设工程合同纠纷范畴。

2. 结算协议的效力：最高法民一庭明确“建设工程施工合同无效不影响结算协议的效力”，但该独立性仅针对实体权利义务，不改变纠纷性质决定的管辖规则。因此，即使结算协议有效，也不能改变由工程所在地法院管辖的原则。

3. 审计结论的对抗效力：实践中常见发包人以“需财政审计”为由拒付结算款。但双方达成有效结算协议后，国家审计结论不影响协议效力。不过，若协议中明确约定“以审计结果为最终依据”，则审计结论将构成结算条件。但这并不改变管辖权的确定原则。

四、风险防范与建议

1. 管辖条款的合法性审查：在工程所在地与约定管辖地不一致时，应预估条款被认定无效的风险。避免在合同中约定与不动产专属管辖原则相冲突的管辖条款。

2. 结算协议的文本设计：若希望突破专属管辖，需在协议中彻底转化法律关系性质（如将工程款债务转化为借款并办理抵押登记）。但这种转化需要谨慎操作，并确保符合相关法律法规的规定。

3. 及时固定证据：对于设计变更、工程量增加等事项，应及时办理签证单并加盖公章，避免结算时对工程量认定产生分歧。同时，应保存好四方验收记录、移交凭证等核心文件，以备不时之需。

行动建议：

• 在签订建设工程施工合同时，应明确约定管辖法院为工程所在地法院，以避免后续纠纷中的管辖权争议。
• 若已发生纠纷且涉及管辖权问题，应及时向工程所在地法院提起诉讼，并准备好相关证据材料以支持自己的主张。
• 在整个过程中，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。

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