建设工程合同纠纷在结算后，其管辖原则并非一概而论的专属管辖，而是需根据具体情况判断，但通常更倾向于按照一般合同纠纷的管辖原则处理，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖，不过也存在按照不动产纠纷确定管辖的特殊情况。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则：不适用专属管辖，按合同纠纷处理
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院专属管辖。但此处的“不动产纠纷”应理解为不动产物权纠纷，如物权设立、权属、变更、转让等引起的纠纷。
- 建设工程施工合同纠纷并不直接涉及不动产物权的确认或变动，而是基于施工合同的履行产生的债权债务关系。因此，它并不直接适用专属管辖的原则。
司法实践：
- 实际上，根据最高人民法院的裁判观点及司法实践，建设工程施工合同纠纷通常按照一般合同纠纷的管辖原则处理，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。
二、特殊情况：按照不动产纠纷确定管辖
法律依据：
- 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十八条第二款规定，农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。这一规定在特定情境下，将建设工程施工合同纠纷与不动产纠纷联系起来。
实践应用：
- 尽管有上述规定，但在司法实践中，对于建设工程施工合同纠纷是否完全等同于不动产物权纠纷进行专属管辖，仍存在争议。不过，当纠纷直接涉及不动产的质量、价款结算、工程交付等与不动产紧密相关的问题时，更有可能被视为不动产纠纷，从而由不动产所在地的人民法院进行专属管辖。
三、协议管辖的优先性
- 如果双方当事人在建设工程施工合同中明确约定了管辖法院，且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，则应按照约定确定管辖法院。这一原则体现了当事人意思自治的精神，也是合同纠纷处理中的一项重要原则。
四、综合分析与建议
综合分析：
- 建设工程合同纠纷在结算后，其管辖原则并非固定不变。它可能因纠纷的具体性质、当事人的约定以及司法实践的不同而有所变化。因此，在处理此类纠纷时，应仔细分析纠纷的具体情况，以确定最合适的管辖法院。
法律建议：
- 当遇到建设工程合同纠纷时，建议当事人首先查阅合同中的管辖条款，了解双方是否有明确的约定。
- 如果没有约定或约定不明确，且纠纷直接涉及不动产的质量、价款结算、工程交付等问题时，可以考虑向不动产所在地的人民法院提起诉讼。
- 如果纠纷更侧重于合同履行过程中的其他问题，如工期延误、违约责任等，则可能更适合按照一般合同纠纷的管辖原则处理。
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