退役军人选择自谋职业时，主要需要签订的协议类型及注意事项可以归纳如下：
一、劳动合同
基本内容：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》，劳动合同应当以书面形式订立，并包含用人单位的名称、住所和法定代表人或主要负责人，劳动者的姓名、住址和有效身份证件号码，劳动合同期限，工作内容和工作地点，工作时间和休息休假，劳动报酬，社会保险，劳动保护、劳动条件和职业危害防护等必备条款。
签订要求：
- 退役士兵与用人单位协商一致后，双方在劳动合同文本上签字或盖章生效，各执一份。
- 对于符合政府安排工作条件的退役士兵，若选择由政府安排工作后放弃，转而自谋职业，虽不直接涉及政府安排的劳动合同，但在自行就业时仍需与新用人单位签订规范的劳动合同。
特殊规定：
- 军龄10年以上的退役士兵，若被企业接收，应当与其签订无固定期限劳动合同；若被事业单位接收，应当与其签订期限不少于3年的聘用合同。
二、灵活就业协议（如适用）
适用条件：
- 选择由政府安排工作的退役士兵，若回到地方后放弃安排工作待遇，可以选择灵活就业。
办理流程：
- 本人需向安置地退役军人事务部门提出书面申请，并填写相关申请表。
- 安置地退役军人事务部门审核通过后，与退役士兵签订协议书，明确双方责任、权利和义务，并发放一次性就业补助金。
协议内容：
- 协议书应详细规定一次性就业补助金的发放标准、时间等，以及退役士兵在灵活就业期间应享受的权益和应履行的义务。
三、其他可能涉及的协议
创业相关协议：
- 若退役士兵选择自主创业，并招聘人才，除了与员工签订劳动合同外，还可能涉及与合作伙伴、供应商等签订的合作协议、采购协议等。
培训协议：
- 若退役士兵参加职业培训或技能提升课程，可能与培训机构签订培训协议，明确培训内容、时间、费用及双方权利义务等。
四、注意事项
合同条款审查：
- 在签订任何协议前，退役士兵应仔细审查合同条款，确保自己的权益得到充分保障。
法律咨询：
- 对于不熟悉的合同条款或法律问题，建议咨询专业律师或法律机构，以避免潜在的法律风险。
保留证据：
- 签订协议后，应妥善保管协议文本及相关证据，以备不时之需。
综上所述，退役军人自谋职业时主要需要签订的是劳动合同，若选择灵活就业则还需签订灵活就业协议。在签订任何协议前，都应仔细审查合同条款并咨询专业法律意见，以确保自己的合法权益得到保障。