针对您提出的“工程款已经与挂靠单位结清，实际施工单位又主张工程款如何处理”的问题，这确实是一个涉及建设工程纠纷的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，工程款的支付与结算应当基于合同的约定以及工程的实际完成情况。在挂靠关系中，虽然挂靠单位可能作为名义上的合同方，但实际施工单位的权益同样需要得到保障。

一、工程验收合格的情况

1. 实际施工单位的权益：如果工程已经验收合格，那么实际施工单位有权请求参照合同约定获得工程款的折价补偿。这是因为，尽管挂靠合同可能无效（如因违反法律法规的强制性规定），但根据公平原则和保障施工方权益的考虑，法院通常会支持实际施工单位的这一请求。

2. 处理建议：在此情况下，您应当与实际施工单位进行协商，明确工程款的支付情况，并确保按照合同约定或法院判决进行支付。如果挂靠单位已经与您结清了工程款，但实际施工单位仍有未获支付的款项，您可能需要与挂靠单位共同承担责任，或者通过法律途径解决争议。

二、工程验收不合格的情况

1. 修复后的合格与否：如果工程验收不合格，且经过修复后仍然不合格，那么实际施工单位请求支付该部分工程价款的请求将不会被法院支持。此外，挂靠方和被挂靠方（即您和挂靠单位）还可能根据各自的过错程度承担相应的责任。

2. 处理建议：在此情况下，您应当与实际施工单位和挂靠单位共同协商，明确责任分担和后续处理方案。如果协商无果，您可能需要通过法律途径解决争议，并准备好相关证据（如合同、施工记录、验收报告等）以支持自己的主张。

三、挂靠单位截留工程款的情况

1. 实际施工单位的权利：如果挂靠单位截留了已经支付的工程款，实际施工单位有权通过诉讼要求返还。这是为了保障实际施工单位的合法权益不受侵害。

2. 处理建议：在此情况下，您应当与实际施工单位合作，共同收集相关证据（如合同、付款凭证、截留证明等），并通过法律途径向挂靠单位追讨截留的工程款。同时，您也可以考虑与挂靠单位进行协商，寻求和解方案以避免法律纠纷。

四、综合建议

1. 加强合同管理：为了避免类似纠纷的发生，建议您在未来的工程项目中加强合同管理，明确各方权利和义务，并确保合同内容合法合规。

2. 及时沟通协商：在工程项目实施过程中，及时与挂靠单位和实际施工单位进行沟通协商，确保工程款的支付和结算按照合同约定进行。

3. 寻求法律支持：如果遇到复杂的法律纠纷或无法协商解决的问题，建议您及时寻求专业的法律支持或咨询律师以获取更具体的建议和指导。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。