独立法人在加盟公司期间患有股骨头坏死，是否能起诉总部，需视具体情况而定，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：
一、劳动关系与工伤认定角度
若独立法人与总部存在劳动关系：
- 根据《工伤保险条例》，若独立法人在工作过程中因工作原因受到伤害，包括患上职业病，应被认定为工伤。股骨头坏死若被认定为职业病或与工作有直接关联，则独立法人有权享受工伤保险待遇，并可能据此向总部提起诉讼，要求赔偿。
- 关键点：需证明股骨头坏死与工作有直接因果关系，且已按照规定程序进行工伤认定。
若独立法人与总部不存在劳动关系：
- 若独立法人作为加盟商，与总部之间主要是商业合作关系，而非劳动关系，则工伤认定可能不适用。此时，独立法人需通过其他法律途径来维护自身权益。
二、合同关系与违约责任角度
若加盟合同中有相关约定：
- 审查加盟合同中是否有关健康保障、工作环境安全或疾病赔偿等条款。若总部未履行合同中的相关义务，导致独立法人患病，独立法人有权依据合同条款向总部提起诉讼，要求承担违约责任。
- 关键点：需仔细审查合同条款，确保自身权益得到充分保障。
若加盟合同中无相关约定：
- 若合同中未涉及健康保障或疾病赔偿等内容，独立法人需考虑其他法律途径，如侵权责任等。
三、侵权责任角度
若能证明总部存在过错：
- 若独立法人能证明总部在提供工作环境、设备或培训等方面存在过错，且该过错与股骨头坏死有直接因果关系，则独立法人有权依据《民法典》中关于侵权责任的规定，向总部提起诉讼，要求赔偿。
- 关键点：需收集充分证据证明总部的过错与自身疾病之间的因果关系。
若无法证明总部存在过错：
- 若无法证明总部存在过错，或过错与疾病之间无直接因果关系，则独立法人可能难以通过侵权责任途径获得赔偿。
四、实际操作建议
- 收集证据：无论选择哪种法律途径，收集充分证据都是关键。包括医疗记录、工作记录、合同文本、沟通记录等。
- 咨询专业律师：虽然我作为周汉一律师可以提供法律咨询，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，建议独立法人在采取行动前，咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
- 考虑和解或调解：在诉讼前，可以考虑与总部进行和解或调解，以节省时间和成本。
总结：独立法人在加盟公司期间患有股骨头坏死，是否能起诉总部，需根据具体情况来判断。建议独立法人在采取行动前，充分收集证据并咨询专业律师。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询，我会尽我所能为你提供帮助。