记过处分扣年终奖是否合法，需分情况讨论：
若公司规章制度或劳动合同中有明确规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关劳动法规，公司有权根据自身情况制定规章制度，包括对员工违纪行为的处罚措施。如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了记过处分可以扣发年终奖，且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、协商等）并公示给员工，那么公司扣发年终奖的行为通常是合法的。
- 法律依据：虽然直接的法律条文可能并未明确提及“记过处分扣年终奖”，但《劳动合同法》第四条关于用人单位制定规章制度的规定，以及第三十九条关于劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可以解除劳动合同的规定，间接支持了公司有权根据规章制度对员工进行处罚，包括扣发奖金。
若公司规章制度或劳动合同中无明确规定，或规定不合法：
- 如果公司没有明确的规章制度或劳动合同中未规定记过处分可以扣发年终奖，或者该规章制度未经民主程序制定、未公示给员工，那么公司扣发年终奖的行为可能缺乏合法依据，员工有权要求公司支付年终奖。
- 法律依据：根据《劳动合同法》及相关司法解释，用人单位制定的规章制度必须符合法律规定，且经过民主程序制定并公示，否则不得作为管理员工的依据。
扣发年终奖需合理且适度：
- 即使公司规章制度或劳动合同中有明确规定记过处分可以扣发年终奖，扣发的金额也应当合理且适度，不能过分高于员工违纪行为所造成的损失。如果扣发金额过高，可能被视为对员工的不公平处罚，员工有权通过法律途径维护自己的权益。
- 法律建议：员工在认为公司扣发年终奖不合理时，可以首先与公司进行协商，要求公司说明扣发的理由和依据。如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
总结与建议：
- 记过处分扣年终奖是否合法，关键在于公司规章制度或劳动合同中是否有明确规定，以及该规定是否合法有效。
- 员工在遇到此类问题时，应首先查阅公司规章制度和劳动合同，了解自己的权益和义务。
- 如果认为公司扣发年终奖的行为不合法或不合理，员工可以通过协商、投诉或申请劳动仲裁等方式维护自己的权益。
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