结论：旷工两次扣两千工资是否合理，需结合具体情况判断，但一般情况下，除非旷工给用人单位造成经济损失，否则不得额外扣除工资，因此该做法可能并不合理。
分析：
法律规定：
- 劳动法并未明确规定旷工一天或两次应扣多少工资。根据现行做法，如果劳动者旷工，用人单位可以在当天不支付工资，这是合理的。
- 除非旷工给用人单位造成了经济损失，否则用人单位不得额外扣除工资。这是基于《劳动保障监察条例》等相关法律法规的规定，旨在保护劳动者的合法权益，防止用人单位滥用扣款权力。
合理性判断：
- 如果用人单位规定旷工两次就扣除两千工资，且没有证据表明旷工给用人单位造成了相应的经济损失，那么这种做法可能并不合理。因为额外扣除工资缺乏法律依据，且可能侵犯劳动者的合法权益。
- 另一方面，如果旷工确实给用人单位造成了经济损失，且损失金额与扣除的工资相当或更多，那么用人单位扣除相应工资可能是合理的。但这种情况下，用人单位需要提供充分的证据来证明损失的存在和金额。
劳动者权益保护：
- 劳动者如果遇到用人单位不合理扣除工资的情况，可以向劳动监察部门投诉，要求加付赔偿金。
- 劳动者也可以通过劳动仲裁要求用人单位支付工资并赔偿损失和经济补偿金。这是法律赋予劳动者的权利，旨在维护劳动者的合法权益。
建议：
- 对于劳动者而言，如果遇到用人单位不合理扣除工资的情况，应首先与用人单位进行沟通协商，尝试解决问题。
- 如果沟通协商无果，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 对于用人单位而言，应遵守相关法律法规的规定，不得随意扣除劳动者的工资。如果确实需要扣除工资，应提供充分的证据来证明损失的存在和金额，并确保扣除的工资金额合理合法。
可能后果：
- 如果用人单位不合理扣除工资，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括责令限期支付劳动者的工资报酬、加付赔偿金等。
- 劳动者也可能因此提起劳动仲裁或诉讼，要求用人单位支付工资并赔偿损失和经济补偿金，这将给用人单位带来不必要的法律风险和经济损失。