针对您提出的“原告自行鉴定货物损失，被告不予认可怎么判决”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

在司法实践中，当原告自行对货物损失进行鉴定，而被告对此不予认可时，法院的判决会基于对多方面因素的综合考量。

首先，法院会审查鉴定机构及鉴定人员的资质。这是判断鉴定结果是否具有可信度的基础。如果鉴定机构或鉴定人员不具备相应的专业能力与资格，那么其出具的鉴定结果可能会受到质疑，法院会对此予以重点关注。

其次，法院会审查鉴定过程是否遵循法定程序。这包括检材的提取、保管、送检等环节是否规范，以及鉴定方法是否科学合理。如果鉴定过程存在程序违法之处，那么鉴定结果的证明力也会大打折扣，法院在判决时会对此进行充分考虑。

再者，法院会结合案件中的其他证据来判断。在民事诉讼中，证据是认定案件事实的基础。如果其他证据能够有力反驳鉴定结果，或者形成完整的证据链指向与鉴定结果不同的事实，那么法院可能会对鉴定结果不予采信。

最后，若有必要，法院可能会要求鉴定人出庭接受质询。这是为了更全面、准确地评估鉴定结果的可靠性。鉴定人出庭后，需要就鉴定相关问题作出解释说明，以便法院能够更准确地判断鉴定结果的真实性和合法性。

综上所述，当原告自行鉴定货物损失而被告不予认可时，法院会基于对鉴定本身及全案证据的综合审查判断，依法作出关于案件事实认定及最终责任划分的判决。因此，在诉讼过程中，双方当事人都应积极提供证据，以支持自己的主张，并尊重法院的判决结果。