针对您提出的问题“司机只起诉被挂靠单位怎么办”，我们可以通过一个具体的案例来进行分析和解答。
案例背景
考虑这样一个案例：李某自2020年3月1日起，驾驶某中型厢式货车运送货物。该货车登记的所有人为某物流公司，道路运输证的业户名称也为该物流公司。李某在职期间受物流公司股东及案外人的管理，工资也由物流公司的相关人员支付。然而，在2021年6月5日，李某驾驶货车发生车祸后，他要求确认与物流公司存在劳动关系，但物流公司主张货车是案外人挂靠在公司名下，李某实际为案外人提供劳务。
法院审理与判决
在这个案例中，法院经审理认为：
- 证据问题：虽然物流公司主张其与案外人之间存在车辆挂靠的事实，但其仅提供了车辆挂靠协议，而未提供其他证据证明该协议的实际履行。因此，物流公司应当承担举证不能的法律后果，对其主张的存在车辆挂靠的事实，法院不予认定。
- 劳动关系认定：根据劳动关系的特征，如管理性、从属性、经济依赖性等，法院认定李某和物流公司之间符合劳动关系的特征。因此，法院确认双方2020年3月1日至2021年6月5日存在劳动关系。
对您问题的解答
基于上述案例，当司机只起诉被挂靠单位时，我们可以得出以下结论和建议：
- 司机起诉的合理性：在类似案例中，如果司机能够证明其与被挂靠单位之间存在实际的管理和经济联系，那么司机只起诉被挂靠单位是合理的。因为从劳动关系的角度来看，司机实际上是在为被挂靠单位提供劳务，并受其管理。
- 被挂靠单位的应对：被挂靠单位在面临此类诉讼时，应当积极举证证明其与司机之间不存在劳动关系，或者证明其与实际车主（挂靠人）之间存在有效的挂靠协议，并且该协议得到了实际履行。如果无法提供充分证据，被挂靠单位可能会承担不利的法律后果。
- 法律建议：对于挂靠关系中的各方来说，明确各自的权利和义务是非常重要的。建议在实际操作中，挂靠人与被挂靠单位之间应当签订详细的挂靠协议，并明确约定双方的权利、义务和责任。同时，双方也应当注意保留相关证据，以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。
综上所述，当司机只起诉被挂靠单位时，法院将根据实际情况和证据来判定双方是否存在劳动关系。因此，对于挂靠关系中的各方来说，明确权利义务、保留相关证据是非常重要的。