公司开庭时声称员工能力不行给公司造成损失，员工可以从以下几个方面进行回复：

一. 明确法律关系与举证责任

1. 劳动关系与损失赔偿的独立性：首先，需要明确公司与员工之间是基于劳动合同建立的劳动关系，员工能力是否胜任工作应当通过绩效考核、工作评价等正规程序来评估，而不是在发生纠纷后单方面主张。
2. 举证责任在公司：根据“谁主张谁举证”的原则，如果公司主张员工能力不行给公司造成了损失，那么公司应当承担举证责任，提供充分的证据来证明员工的能力与损失之间的直接因果关系。

二. 反驳公司的主张

1. 质疑损失的真实性与关联性：员工可以质疑公司所主张的损失是否真实存在，以及该损失是否确实由员工的能力问题直接导致。要求公司提供详细的损失计算依据和证据，以及损失与员工能力问题的直接关联证据。
2. 指出公司管理责任：员工可以指出，即使存在能力问题，公司也有责任通过培训、指导、调整岗位等方式来提升员工能力，而不是直接归咎于员工并要求赔偿。

三. 强调法律规定与权益保护

1. 引用相关法律规定：员工可以引用《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律规定，强调员工在劳动关系中的合法权益，以及公司在员工管理、培训等方面的责任和义务。
2. 维护自身权益：员工可以表明自己的立场，即不会接受公司无根据的损失赔偿要求，并会积极维护自己的合法权益。

四. 提出解决方案

1. 建议协商解决：员工可以提出，愿意与公司通过协商的方式解决纠纷，寻求双方都能接受的解决方案。
2. 保留法律途径：如果协商无果，员工可以保留通过法律途径维护自己权益的权利。

我建议，在回复公司时，员工应当保持冷静、理性，避免情绪化的言辞。同时，要准备好充分的证据和法律依据来支持自己的主张，确保在法庭上能够有力地反驳公司的无理要求。如有进一步需要，您可以继续咨询我。