建设单位单独发包桩基工程的合同，在多数情况下会被认定为无效，这主要基于支解发包的法律规定。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、支解发包的法律规定
根据我国《建筑法》第二十四条的规定，提倡对建筑工程实行总承包，并明确禁止将建筑工程支解发包。支解发包不仅可能导致施工进度相互影响，还可能因衔接不畅而出现推诿扯皮，甚至造成施工现场混乱、责任不清，进而引发严重的建设工程质量和安全问题。因此，支解发包作为违法发包的一种情形，是法律法规明确禁止的。
二、单独发包桩基工程是否构成支解发包
定义解析：
- 支解发包的基本含义是“将应当由一个承包人完成的建设工程分解成若干部分”。这里的“应当由一个承包人完成的建设工程”通常指的是单位工程，即具有独立设计文件，可以独立组织施工，但竣工后不能独立发挥生产能力或效益的工程。
具体情形：
- 根据《建筑工程施工发包与承包违法行为认定查处管理办法》第六条第(五)项的规定，建设单位将一个单位工程的施工分解成若干部分发包给不同的施工总承包或专业承包单位的，可被视为支解发包。在桩基工程单独发包的情形中，如果桩基工程原本应包含在总承包工程的范围内，而建设单位却将其单独发包给其他施工单位，那么这种行为就构成了支解发包。
三、单独发包桩基工程合同的效力
合同无效的情形：
- 由于支解发包是法律法规明确禁止的行为，因此建设单位单独发包桩基工程的合同，在构成支解发包的情况下，会被认定为无效。这种无效性是基于合同违反了法律、行政法规的强制性规定。
实际案例：
- 以最高人民法院再审的某案例为例，发包人在与施工总承包单位签订总承包合同之外，将桩基部分分包给其他施工单位，并还与桩基部分的施工单位签订了分包合同。该行为被认定为违反了《建筑法》和《建设工程质量管理条例》中关于禁止支解发包的规定，因此案涉的《桩基工程施工合同》被认定为无效。
四、法律建议
遵守法律法规：
- 建设单位在发包工程时，应严格遵守《建筑法》等相关法律法规的规定，避免支解发包等违法行为的发生。
合理规划工程发包：
- 建设单位应根据工程项目的实际情况，合理规划工程发包方式。如果桩基工程等部分工程需要单独发包，应确保这种发包方式不违反法律法规的强制性规定，并尽可能与总承包工程相协调。
咨询专业律师：
- 在涉及工程发包等复杂法律问题时，建设单位应咨询专业律师的意见，以确保合同内容的合法性和有效性。当然，您现在就可以直接向我咨询，我会结合您的具体情况，给出专业的法律建议。
综上所述，建设单位单独发包桩基工程的合同，在构成支解发包的情况下，会被认定为无效。因此，建设单位在发包工程时应严格遵守相关法律法规的规定，避免违法行为的发生。