建设单位将桩基工程单独发包，若构成违法发包，将面临行政处罚，具体处罚措施需依据违法情节的严重程度来确定。以下从不同角度为您详细分析：

一、违法发包的认定

根据《建筑工程施工发包与承包违法行为认定查处管理办法》第六条第（五）项的规定，建设单位将一个单位工程的施工分解成若干部分发包给不同的施工总承包或专业承包单位的，属于违法发包行为。若建设单位未将桩基工程纳入施工总承包单位的施工范围，而直接发包给其他单位，即可能构成违法发包。

二、违法发包的处罚

1. 行政处罚：

   • 住房城乡建设主管部门将依据《建设工程质量管理条例》等有关规定，对违法发包的建设单位进行行政处罚。
   • 处罚措施通常包括罚款，罚款金额一般根据涉案工程合同价款的一定比例来确定。例如，在某案例中，建设单位因违法发包桩基工程，被按涉案桩基础工程合同价款的0.85%处以罚款。

2. 处罚裁量：

   • 处罚的裁量档次会根据违法情节的严重程度、建设单位的配合调查处理情况等因素来确定。
   • 若建设项目已完工，且建设单位积极配合调查处理，可能属于“一般”处罚裁量档次，罚款比例相对较低。

三、违法发包的后果

1. 扰乱建筑市场秩序：

   • 违法发包通过将工程发包给无资质单位或个人、肢解发包等方式，破坏公平竞争机制，导致行业恶性循环。

2. 存在工程质量与安全隐患：

   • 无资质承包方可能偷工减料、技术不足，易引发质量问题。
   • 肢解发包导致责任主体不清，增加安全事故发生概率。

3. 引发社会稳定问题：

   • 违法发包可能导致劳资纠纷和拖欠农民工工资问题，影响社会稳定。

四、建议与措施

1. 合规发包：

   • 建设单位应严格遵守相关法律法规，将工程发包给具有相应资质的单位，并纳入施工总承包单位的施工范围。

2. 加强监管：

   • 住房城乡建设主管部门应持续对违法发包等行为进行监管和处罚，公开曝光典型案例，以儆效尤。

3. 法律咨询：

   • 若您对建设工程的发包与承包行为存在疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。作为专业律师，我将为您提供详细的法律解释和专业的法律建议。

总结来说，建设单位将桩基工程单独发包，若构成违法发包，将面临行政处罚，包括罚款等措施。同时，违法发包还可能扰乱建筑市场秩序、存在工程质量与安全隐患以及引发社会稳定问题。因此，建议建设单位严格遵守相关法律法规，合规发包，以维护建筑市场的健康发展和社会的稳定和谐。