商家开发票收取手续费是不合法的。以下是详细分析：
一. 法定义务与违规情况
法定义务：根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，在对外发生经营业务收取款项后，应当向付款方开具发票。这是商家的法定义务，且不得另行收取任何费用。
违规收费分析：商家若以开发票为由收取手续费，实际上是在规避其法定义务，将本应由自身承担的成本转嫁给消费者。这种行为不仅违反了法律规定，也损害了消费者的合法权益。
二. 消费者应对措施
明确拒绝：消费者在遇到商家要求收取开票手续费的情况时，应明确拒绝这一不合理要求。
投诉举报：消费者可以向当地税务机关或消费者权益保护部门投诉举报商家的违规行为。税务机关会依法调查并处理商家的违法行为，维护消费者的合法权益。
保留证据：建议消费者保留好购物凭证、对话记录等相关证据，以备不时之需。这些证据在投诉举报过程中将起到重要作用。
综上所述，商家开发票收取手续费是不合法的行为。消费者在遇到此类情况时，应勇敢维护自己的合法权益，通过明确拒绝、投诉举报和保留证据等方式来应对。同时，也呼吁商家遵守法律法规，规范经营行为，共同营造一个公平、诚信的消费环境。如有进一步需要，您可以继续咨询我。