结论：批发商开票收取手续费是否合法需分情况讨论，主要取决于手续费性质、合同约定及税务合规性。以下从不同角度展开分析：

1. 手续费性质与合同约定

• 合法情形：若手续费属于双方协商一致的服务对价（如开票服务费、代办费等），且未违反法律法规强制性规定，则合法。例如：
  • 批发商与购买方在合同中明确约定“开票需支付手续费”，且手续费金额合理；
  • 手续费实质为批发商提供额外服务（如代开发票、税务筹划咨询）的报酬。
• 违法情形：若手续费被认定为变相加价或偷逃税款的工具，则可能违法。例如：
  • 批发商以“手续费”名义掩盖实际销售价格，逃避增值税；
  • 手续费未纳入发票金额，导致购买方无法抵扣进项税或企业所得税税前扣除。

2. 税务合规性

• 增值税角度：根据《增值税暂行条例》，销售货物或提供应税劳务的价款和价外费用均需缴纳增值税。若手续费属于价外费用（如违约金、滞纳金等），应并入销售额计税；若手续费为独立服务费（如代办费），需按“现代服务”税目缴纳增值税。
  • 风险点：若手续费未申报纳税，可能构成偷税，面临补税、滞纳金及罚款（《税收征收管理法》第63条）。
• 发票开具要求：手续费需单独开具发票或并入主票金额。若未开具发票或开具“大头小尾”发票，可能涉嫌虚开发票（《发票管理办法》第22条）。

3. 行业惯例与公平性

• 若行业内普遍存在开票收费惯例，且手续费金额合理（如覆盖开票成本），通常被接受；
• 若手续费显著高于实际成本（如按票面金额比例收取），可能被认定为不公平交易条款，购买方可主张撤销或调整（《民法典》第497条）。

建议

1. 批发商：
   • 明确手续费性质，在合同中约定服务内容及金额；
   • 依法申报纳税，避免税务风险；
   • 确保手续费金额合理，避免被认定为不公平交易。
2. 购买方：
   • 审查合同条款，确认手续费是否合法合理；
   • 要求批发商开具合规发票，保障自身权益；
   • 如发现违法情形，可向税务机关举报或通过法律途径维权。

如有具体案例或合同条款需分析，可直接向我咨询。