您好，关于您提出的“船员离职公司会扣证书吗”这一问题，我可以给您一个明确且详细的解答。

首先，根据《中华人民共和国海船船员适任考试和发证规则》的规定，除海事管理机构依法实施外，任何机构和个人都不得以任何理由扣留或者吊销船员适任证书。这意味着，船员服务机构或公司无权扣留您的船员证书。

其次，船员的所有证书都可以由个人申请办理，而不一定需要通过船员服务机构或公司来办理。如果您选择委托船员服务机构办理相关证书，请务必选择有资质的机构，并签署服务协议，以保障自己的合法权益。所有有资质的船员服务机构都可以在中国海事局官方网站上进行确认，建议您在办理前进行核实。

再者，当您作为船员正常离职时，需要注意做好交接工作，并在离职当日由船长在《船员服务簿》上签注离职信息，同时在船舶报告系统办理船员解职手续。这是为了确保您的《船员服务簿》记载信息与船员管理系统内信息一致，对您的后续工作和发展至关重要。

最后，我想提醒您的是，船员服务簿是记录您本人资历、有关训练的证件，是您申请考试、办理职务升级和换领船员适任证书的关键证明文件。因此，在船工作期间，请务必随身携带，并按要求规范记载。

综上所述，船员离职时，公司无权扣留您的证书。如果您在离职过程中遇到任何问题或困扰，建议及时与海事管理机构或相关部门联系，以维护自己的合法权益。希望我的解答能够对您有所帮助。