跨行手续费从工资中扣除是否合法，需分情况讨论：
若劳动合同或规章制度中有明确约定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致的原则订立劳动合同。若劳动合同中明确约定了跨行手续费由劳动者承担，或者用人单位的规章制度中对此有明确规定，并且该规章制度已经过民主程序制定并公示，那么用人单位从工资中扣除跨行手续费可能是合法的。但需要注意的是，这种扣除应当合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
若劳动合同或规章制度中无明确约定：
- 在没有明确约定的情况下，用人单位通常无权单方面从工资中扣除跨行手续费。因为工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位不得随意克扣或无故拖欠。如果用人单位未经劳动者同意，擅自从工资中扣除跨行手续费，这可能构成违法行为，劳动者有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
法律建议：
- 审查劳动合同和规章制度：劳动者应仔细审查自己的劳动合同和用人单位的规章制度，看是否有关于跨行手续费扣除的明确约定。
- 与用人单位协商：如果发现用人单位未经同意擅自扣除跨行手续费，劳动者可以与用人单位进行协商，要求其停止不当扣除并补发工资。
- 寻求法律援助：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，或者寻求专业律师的法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果用人单位未经劳动者同意擅自扣除跨行手续费，且情节严重，可能面临劳动监察部门的处罚，包括但不限于罚款、责令改正等。
- 劳动者也有权通过法律途径要求用人单位补发工资，并可能获得相应的经济补偿。
总结：跨行手续费从工资中扣除是否合法，关键在于劳动合同或规章制度中是否有明确约定。在没有明确约定的情况下，用人单位通常无权单方面扣除。劳动者应仔细审查相关合同和制度，并在必要时寻求法律援助以维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。