关于超休工资的计算方法，这确实是一个涉及多种因素和具体情况的复杂问题。下面，我将根据不同的工时制度和超休情形，为您详细解析超休工资的计算方式。

一、标准工时制下的超休工资计算

在标准工时制下，员工的正常出勤月工资为标准工资。若员工超出正常工作时间工作，即形成加班，用人单位需按照《中华人民共和国劳动法》的相关规定支付加班费。

1. 工作日加班：

   • 劳动者在正常工作日超出正常工作时间继续工作，用人单位需支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
   • 计算公式：加班工资 = 月工资基数 ÷ 21.75 ÷ 8 × 加班小时数 × 150%。
   • 例如，月工资为5000元，日工资约为5000 ÷ 21.75 ≈ 230元，若加班2小时，则加班工资为230 ÷ 8 × 2 × 150% ≈ 86.25元。

2. 休息日加班且不能安排补休：

   • 劳动者在休息日（如周六、周日）工作，且单位不能安排补休，用人单位需支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
   • 计算公式：加班工资 = 月工资基数 ÷ 21.75 × 加班天数 × 200%。
   • 例如，月工资为5000元，日工资约为230元，若休息日加班1天，则加班工资为230 × 2 = 460元。

3. 法定休假日加班：

   • 劳动者在法定节假日（如元旦、春节、清明节等）工作，用人单位需支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
   • 计算公式：加班工资 = 月工资基数 ÷ 21.75 × 加班天数 × 300%。
   • 例如，月工资为5000元，日工资约为230元，若法定休假日加班1天，则加班工资为230 × 3 = 690元。

二、综合计算工时制下的超休工资计算

对于实行综合计算工时制的员工，在综合计算周期内总的工作时间超过法定标准工作时间的部分，视为延长工作时间，按150%支付加班工资；法定休假日安排工作的，按300%支付加班工资。

• 延长工作时间：加班工资 = 月工资基数 ÷ 21.75 ÷ 8 × (实际工作时间 - 法定标准工作时间) × 150%。
• 法定休假日工作：加班工资 = 月工资基数 ÷ 21.75 × 法定休假日加班天数 × 300%。

三、不定时工时制下的超休工资计算

对于实行不定时工时制的员工，一般情况下不存在超休工资问题，因为其工作时间不固定，难以界定超休。但在法定休假日安排工作的，需按300%支付加班工资。

• 法定休假日工作：加班工资 = 月工资基数 ÷ 21.75 × 法定休假日加班天数 × 300%。

四、超出规定休假天数的处理

如果员工超出了用人单位规定的休假天数，这部分超出时间一般不被视为加班，因此可能不会正常发放工资。甚至，员工可能因违反公司考勤制度而面临扣减绩效等处罚。但具体处理需依据用人单位的规章制度及劳动合同来确定。

• 用人单位规章制度：规章制度应具有合法性和合理性，且需经过民主程序制定并向劳动者公示。
• 劳动合同：劳动合同中应明确约定休假天数及超出部分的处理方式。

五、总结与建议

超休工资的计算是一个相对复杂的过程，需要考虑工时制度、加班情形、用人单位规章制度以及劳动合同约定等多种因素。为避免争议，建议用人单位在制定规章制度时确保合法性和合理性，并明确约定在劳动合同中；同时，劳动者也应了解自己的权益和义务，在遇到问题时及时咨询专业的劳动法律师或相关部门以获取准确的指导和帮助。

希望以上解答能对您有所帮助。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时告知。