针对您提出的问题，即公司借款但借款人将钱打到个人卡上，借条上有单位公章也有个人签字，该起诉谁，以下是我的分析：
若签字人为公司法定代表人或负责人：
- 在这种情况下，借条上的公章代表了公司的行为，而法定代表人的签字则进一步确认了这一点。根据一般的法律原则，应当起诉公司，因为法定代表人代表的是公司，其签字行为属于职务行为，个人不承担还款责任。
若签字人非公司法定代表人或负责人：
- 若款项用于公司事务：尽管借条上有个人签字，但如果款项实际上用于了公司事务，且公司也通过加盖公章的方式确认了这一借款行为，那么应当起诉公司。因为公司是借款的实际使用者和受益者。
- 若款项用于个人：如果签字人非公司法定代表人或负责人，且款项实际上被签字人个人使用，而非用于公司事务，那么在这种情况下，可以将个人与公司列为共同被告。因为个人是借款的实际使用者和受益者，而公司则通过加盖公章的方式可能误导了借款人，使其认为借款是与公司发生的。
- 若款项用途难以区分：在实际操作中，有时款项的用途可能难以明确区分是个人使用还是公司使用。在这种情况下，为了保障自己的权益，借款人可以将个人与公司列为共同被告。最终的责任承担将由法院根据查明的事实和证据来判定。
在起诉时，您需要注意以下几点：
- 准备充分的证据：包括借条、转账记录、沟通记录等，以证明借款事实、款项用途以及对方未还款的事实。
- 明确诉讼请求：在起诉书中明确要求对方（公司或个人）承担还款责任，并支付相应的利息和违约金（如果有的话）。
- 注意诉讼时效：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民间借贷的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。因此，您需要在诉讼时效期间内提起诉讼。
最后，我建议您在起诉前尽量与对方进行协商，看是否能够达成还款协议。如果协商无果，再考虑通过法律途径解决纠纷。在诉讼过程中，您也可以考虑寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保障。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。