跟总公司签订劳动合同，子公司发工资是可以的，但这种情况需要满足一定的条件并注意相关法律风险。以下是对此问题的详细分析：
一、法律层面分析
劳动合同关系：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。在此情况下，劳动者与总公司签订了劳动合同，即表明劳动者与总公司建立了劳动关系。
工资支付主体：
- 工资支付并不必然由签订劳动合同的用人单位（即总公司）直接进行。在实际操作中，由于业务安排、管理需要或财务便利等因素，总公司可能委托其子公司代为支付工资。这种委托支付行为并不改变劳动者与总公司之间的劳动关系。
法律责任：
- 如果子公司在代发工资过程中存在违法行为（如拖欠工资、未依法缴纳社会保险等），劳动者仍然有权向总公司主张权利。因为总公司作为劳动合同的签订方和用人单位，对劳动者负有法定的责任和义务。
二、实际操作中的注意事项
明确约定：
- 在劳动合同中，应明确约定工资的支付方式、支付时间以及支付主体等信息，以避免后续产生纠纷。如果总公司委托子公司代发工资，最好在劳动合同中予以注明，或者通过补充协议的方式明确双方的权利和义务。
保留证据：
- 劳动者应妥善保管好与工资支付相关的证据材料（如工资条、银行流水等），以便在发生争议时能够维护自己的合法权益。这些证据材料可以证明工资的实际支付情况，以及劳动者与用人单位之间的劳动关系。
了解公司架构与运营模式：
- 劳动者应了解自己所在公司的组织架构和运营模式，明确自己与总公司、子公司之间的关系。这有助于劳动者更好地理解工资支付方式的合理性，并在发生争议时能够更准确地主张自己的权利。
三、可能存在的法律风险及防范措施
法律风险：
- 如果子公司与总公司之间的委托支付关系不明确或存在争议，可能导致工资支付出现问题，进而引发劳动争议。
- 如果子公司未依法为劳动者缴纳社会保险或存在其他违法行为，劳动者可能面临权益受损的风险。
防范措施：
- 总公司与子公司之间应签订明确的委托支付协议，详细规定工资支付的具体安排、责任划分以及相关的财务和税务处理。
- 劳动者应定期与总公司或子公司核对工资支付情况，确保工资按时足额发放。
- 如发现子公司存在违法行为或工资支付出现问题，劳动者应及时向总公司或相关部门反映并寻求解决方案。
总结与建议：
跟总公司签订劳动合同但由子公司发工资在法律上并非不可行，但需谨慎操作并确保符合相关法律法规的要求。为了防范潜在的法律风险，建议总公司在实施这种薪酬支付方式前咨询专业的法律顾问或律师进行法律评估和风险审查。同时，劳动者也应了解自己的权益并妥善保管相关证据材料以便在需要时维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。