公司在您病假期三个月时声称您自己离职的做法，通常是不合法的，您有权维护自己的合法权益。以下是从不同角度为您提供的详细分析和建议：
一、明确法律权益
医疗期保护：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，您因患病需要停止工作医疗时，根据实际参加工作年限和在本单位工作年限，可享有三个月到二十四个月的医疗期。在医疗期内，公司不得随意解除劳动合同。
劳动合同法规定：
- 《劳动合同法》第四十二条明确规定，劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内的，用人单位不得依照该法第四十条（无过失性辞退）、第四十一条（经济性裁员）的规定解除劳动合同。这意味着，在医疗期内，公司无权单方面解除与您的劳动合同。
二、应对公司行为的措施
与公司沟通：
- 向公司明确表达您处于生病治疗阶段，且正处于法律规定的医疗期内，公司要求离职的做法不符合法律规定。
- 提供医院的诊断证明、病历、病假条等能证明自己生病及需要治疗休息的材料，并告知公司医疗期时长及预计恢复工作时间。沟通时最好通过书面形式（如邮件），以便留存相关证据。
收集证据：
- 如果公司坚持要求离职，您应保存所有相关的书面或电子证据，包括劳动合同、工资条、工作证、医院诊断证明、与公司沟通的记录（如邮件、短信、微信聊天记录、通话录音等）。这些证据将在后续的法律程序中起到关键作用。
三、寻求法律途径维护权益
向劳动监察部门投诉：
- 整理好相关证据后，可向当地劳动监察部门提交投诉申请，详细说明公司要求离职的不合理情况。劳动监察部门会对此进行调查核实，并依法对公司的违法行为进行处理。
申请劳动仲裁：
- 若劳动监察部门的介入未能解决问题，您可在规定时间内（劳动争议申请仲裁的时效期间为一年）向劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请。仲裁申请书需载明劳动者和用人单位的基本信息、仲裁请求和所根据的事实、理由，以及证据和证据来源等事项。仲裁委员会受理后，会安排开庭审理。您需充分陈述主张，展示证据，证明公司行为违法，并要求承担法律责任。
执行裁决与诉讼：
- 如果您胜诉而公司不履行仲裁裁决，您可向法院申请强制执行。在某些情况下，您也可直接向法院提起诉讼来维护自己的合法权益。
四、注意事项
- 在整个维权过程中，您应始终关注自己的身体健康。确保有足够的时间休息和治疗，以便尽快恢复健康并重新投入工作。
- 维权过程中，保持冷静和理性，避免与公司发生不必要的冲突。通过合法途径表达自己的诉求，是维护自身权益的最佳方式。
结论：公司在您病假期三个月时声称您自己离职的做法是不合法的。您应明确自己的法律权益，采取与公司沟通、收集证据、寻求法律途径等措施来维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。