结论前置：用人单位从您妻子工资中扣除您的社保费用，不合法。以下从法律角度展开分析：

1. 社保缴纳的法定主体与责任

根据《社会保险法》第六十条，用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。职工应缴纳的部分由用人单位代扣代缴，但代扣范围仅限于该职工本人工资，不得跨员工扣缴。

2. 工资扣减的合法边界

依据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位可从职工工资中扣减的费用仅限于：

• 职工个人应缴纳的社保、公积金；
• 法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
• 法律、法规规定可从工资中扣除的其他费用。

跨员工扣缴社保不属于法定扣减情形，即使夫妻同属一个单位，用人单位也无权将一方的社保费用转嫁至另一方工资。

3. 用人单位行为的法律后果

若单位擅自扣减您妻子工资，可能面临：

• 行政处罚：由劳动行政部门责令限期支付工资，逾期不支付的加付赔偿金（《劳动保障监察条例》第二十六条）；
• 民事赔偿：您妻子有权要求单位补发被扣工资，并可依据《劳动合同法》第三十八条以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除合同，主张经济补偿金。

4. 实务建议

• 与单位协商：要求单位立即停止违规扣减，补发工资；
• 投诉举报：向当地劳动监察大队投诉（电话：12333），或通过“全国根治欠薪线索反映平台”提交线索；
• 申请仲裁：若协商无果，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张工资差额及经济补偿。

提示：社保缴纳是用人单位与职工的法定义务，单位不得通过内部规定规避责任。如需进一步维权指导，可直接向我咨询具体操作流程。