关于甲方欠付工程款违约金的计算问题，需结合合同约定、法律规定及实际履行情况综合判断。以下是具体分析：

1. 合同有明确约定时
   若双方签订的工程合同中已约定违约金计算方式（如按日计收未付金额的万分之五，或固定比例如未付金额的10%），则优先按合同执行。
   注意：若违约金过高（超过实际损失的30%），甲方可请求法院或仲裁机构调整；若过低，乙方也可主张增加。

2. 合同未约定或约定不明时
   根据《民法典》第五百八十四条，违约金以实际损失为基准，包括：

   • 直接损失：如乙方为工程垫付的资金利息、设备闲置费用等；
     
   • 间接损失：如因甲方拖欠导致乙方错失其他工程的机会成本（需举证）。
     计算方式：通常以未付工程款为基数，参照同期贷款市场报价利率（LPR）或行业惯例确定比例。

3. 法定违约金上限
   即使合同约定违约金，法院也可能以“补偿性为主、惩罚性为辅”为原则调整。例如，若乙方实际损失仅为未付金额的5%，但合同约定20%，则可能被调减。

建议行动步骤：

1. 核查合同条款，确认违约金计算方式；
   
2. 收集甲方违约证据（如催款函、付款记录、工程验收文件等）；
   
3. 计算实际损失（包括直接和间接损失）；
   
4. 若协商无果，可向法院起诉或申请仲裁，主张违约金及利息（如有约定）。

如有具体合同条款或案件细节，可进一步提供，我会为您详细分析。