综合工时制下，员工休年假期间不计入本月工时，超出部分也不应算作加班。以下是对此问题的详细分析：
一、综合工时制的基本特点
综合工时制是一种特殊的工作时间制度，它允许在一定周期内（如周、月、季、年）综合计算工作时间，而非按照每日固定的工作时间来计算。这种制度下，员工的工作时间可能存在波动，有时可能超过标准工作时间，有时则可能不足。但总体上，只要在一个综合计算周期内，员工的工作时间不超过法定标准，就不视为加班。
二、年假的性质与处理
年假是员工依法享有的休息权利，属于带薪休假。在年假期间，员工并未提供实际劳动，因此这段时间不应计入实际工作时间。对于综合工时制下的员工而言，年假期间同样不计入综合计算周期内的工作时间。
三、超出工时的处理
在一个综合计算周期内：如果员工在一个综合计算周期内（如一个月）的总工作时间未超过法定标准（考虑年假等休息时间后的实际工作时间），那么即使某些天的工作时间较长，也不应视为加班。因为综合工时制的核心就是允许在一定周期内灵活安排工作时间。
超出综合计算周期的总工时：如果在一个综合计算周期结束后，发现员工的总工作时间超过了法定标准，那么超出部分应视为加班，并按照相关规定支付加班费。但需要注意的是，这里的“超出”是指综合计算周期内的总工作时间超出，而非单日或单周的工作时间超出。同时，在计算总工时时，应扣除年假等休息时间。
四、实际操作建议
准确记录工作时间：企业应建立完善的工作时间记录制度，准确记录员工的工作时间，包括年假等休息时间，以便在综合计算周期结束后进行准确核算。
合理安排工作时间：企业应根据生产需要和员工实际情况，合理安排工作时间，避免在综合计算周期内出现过度集中或过度分散的工作时间安排。
遵守法律法规：企业在实施综合工时制时，应严格遵守相关法律法规的规定，确保员工的合法权益得到保障。
五、法律后果
如果企业未按照规定实施综合工时制，或者未正确计算和处理员工的工作时间，可能会面临劳动争议和法律责任。例如，员工可能会要求企业支付加班费、经济补偿等，甚至可能向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
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