针对您提出的“公务员被法院判决免于刑事处罚的该如何处分”的问题，以下是我根据相关法律法规及实践情况给出的详细解答：
首先，我们需要明确的是，公务员被法院判决免于刑事处罚，并不意味着其可以免受任何纪律处分。根据《公务员法》的相关规定，公务员因违法违纪应当承担纪律责任的，需要依照本法给予处分。这些处分包括警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等。
对于被免予刑事处罚的公务员，其处分档次的确定是一个既现实又复杂的问题。目前，《公务员法》和《行政机关公务员处分条例》等法律法规并未就公务员被免予刑事处罚后的政纪处分档次作出明确规定，这导致在实践中量纪空间较大，难以准确把握。
然而，从加强党风廉政建设和反腐败斗争的时代背景出发，对公务员的政纪处分在政策导向上是进一步体现从严原则的。因此，在多数情况下，对于被免予刑事处罚的公务员，一般会给予撤职或开除的处分。这是因为免予刑事处罚虽然不判处刑罚，但已经确认某种行为构成犯罪，属于严重违纪行为。
在具体适用上，我们需要把握以下几点：
必须给予处分：被免予刑事处罚的公务员，由于其行为已经构成犯罪和严重违纪，因此一般应给予撤职或开除的处分。
从宽处理情节的运用：自首、立功等从宽情节在刑事审判中已经得到充分考虑，因此在追究政纪责任过程中不宜再重复考虑。这意味着，即使公务员有自首或立功等情节，也不能因此减轻或免除其政纪处分。
原处分决定的变更：对于公务员因受到刑事处罚被开除的，如果后来改判免予刑事处罚，一般不宜仅以此为由改变原处分决定。这是因为原处分决定是基于当时的证据和情况作出的，改判免予刑事处罚并不意味着原处分决定就是错误的。
综上所述，对于被法院判决免于刑事处罚的公务员，其处分档次的确定需要综合考虑多种因素，包括行为的性质、情节、后果以及公务员的认错态度等。在多数情况下，一般会给予撤职或开除的处分，以体现从严原则。当然，具体处分还需要根据案件的实际情况和有关法律法规的规定进行具体分析。