卖了变质的食物给顾客并进行了赔偿，一般情况下不应该直接扣员工的工资。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、责任归属角度

1. 企业责任：

   • 商家销售变质食品，首先违反的是《中华人民共和国食品安全法》等相关法律法规，这属于商家的经营责任。商家有义务确保所售食品的质量安全，若因食品问题导致消费者损害，商家应承担相应的赔偿责任。
   • 赔偿消费者是商家的法定义务，与员工个人无直接关联。除非能证明员工在销售过程中存在故意或重大过失（如明知食品变质仍销售），否则不应将赔偿责任转嫁给员工。

2. 员工责任：

   • 员工在销售过程中应遵守商家的规章制度和职业道德，若因个人疏忽或故意行为导致食品问题，商家可根据内部规定对员工进行相应处理（如警告、罚款、解雇等）。
   • 但这种处理应基于员工的过错程度，且需符合法律法规和劳动合同的约定。直接扣发工资作为赔偿，可能缺乏法律依据，且易引发劳动争议。

二、法律角度

1. 劳动合同法：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位不得随意扣发劳动者工资。若需扣发，必须基于合法的规章制度和劳动合同的约定，且扣发金额不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
   • 商家因销售变质食品而扣发员工工资，若无法证明员工存在过错或违反规章制度，则可能构成违法扣发工资。

2. 侵权责任法：

   • 若因员工故意或重大过失导致消费者损害，商家在赔偿消费者后，可向员工追偿。但这种追偿应基于实际的损失和员工的过错程度，且需通过合法途径进行。
   • 直接扣发工资作为追偿方式，可能不符合法律规定的追偿程序和要求。

三、实际操作建议

1. 内部调查：

   • 商家应首先进行内部调查，查明食品变质的原因和责任归属。若因员工过错导致，可根据内部规定对员工进行相应处理。

2. 合法处理：

   • 若需对员工进行处理，应确保处理方式合法合规，符合劳动合同和规章制度的约定。避免直接扣发工资等可能引发劳动争议的行为。

3. 加强管理：

   • 商家应加强食品质量管理，建立完善的食品检验和储存制度，确保所售食品的质量安全。同时，加强对员工的培训和教育，提高员工的食品安全意识和法律意识。

如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供更详细、更专业的法律建议。