事业单位开设农民工工资专户并不违法，反而，如果符合特定条件（如作为施工总承包单位承建工程项目），未开设农民工工资专用账户则可能构成违法。 以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律法规要求
《保障农民工工资支付条例》的相关规定：
- 根据《保障农民工工资支付条例》第二十六条，施工总承包单位应当按照有关规定开设农民工工资专用账户，专项用于支付该工程建设项目农民工工资。这意味着，如果事业单位作为施工总承包单位承建工程项目，那么开设农民工工资专用账户是其法定义务。
- 同时，该条例第五十五条第一款规定，施工总承包单位未按规定开设或者使用农民工工资专用账户的，将面临责令限期改正、项目停工、罚款等行政处罚。情节严重的，还可能受到限制承接新工程、降低资质等级、吊销资质证书等处罚。
地方性实施细则的要求：
- 以《浙江省工程建设领域农民工工资专用账户管理实施细则》为例，该细则明确规定了总包单位（包括直接承包建设单位发包工程的专业承包企业）应当在工程施工合同签订之日起30日内开立专用账户，并与建设单位、开户银行签订资金管理三方协议。这进一步强调了开设农民工工资专用账户的重要性。
二、事业单位作为施工总承包单位的情形
- 如果事业单位作为施工总承包单位承建工程项目，那么根据上述法律法规，其必须开设农民工工资专用账户，以专项用于支付农民工工资。未开设或未按规定使用该账户的，将面临法律责任。
三、事业单位非施工总承包单位的情形
- 如果事业单位并非作为施工总承包单位承建工程项目，而是以其他身份（如建设单位、监理单位等）参与工程项目，那么其开设农民工工资专用账户并非法定义务。然而，在实际操作中，为了保障农民工工资的支付，相关方可能会协商开设共同账户或采取其他措施来确保工资的及时支付。
四、法律建议与后果
法律建议：
- 对于事业单位而言，如果其作为施工总承包单位承建工程项目，应严格按照法律法规要求开设农民工工资专用账户，并确保该账户的专项使用。
- 如果事业单位并非施工总承包单位，但参与工程项目且涉及农民工工资支付问题，建议与相关方协商并采取有效措施来保障工资的支付。
法律后果：
- 未按规定开设或使用农民工工资专用账户的施工总承包单位，将面临行政处罚和可能的信用惩戒。这不仅会影响单位的声誉和业务发展，还可能对农民工的合法权益造成损害。
综上所述，事业单位如果作为施工总承包单位承建工程项目，开设农民工工资专户是法定义务；如果并非施工总承包单位，则无此强制要求，但应确保农民工工资的及时支付。 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。