当员工不承认签了合同时，企业可以从多个方面入手来证明合同的存在及有效性，具体措施如下：
核查合同签订流程记录
- 合同签订过程中的签字确认登记表是关键证据。这类记录能直接证明员工在合同上签了字，从而确认合同的有效性。企业应妥善保管此类文件，以备不时之需。
寻找其他相关证据
- 合同文本原件：如果企业保留了合同文本的原件，那么它将是证明合同存在的最直接证据。
- 通讯记录：往来的邮件、短信等通讯记录也能体现合同签订的意向及具体内容。例如，双方在邮件中就合同的主要条款进行了商讨和确认，或者通过短信约定了合同的签订事宜等，这些都可以作为间接证据。
- 工资发放记录、工作证、考勤记录：这些证据能证明员工与企业之间存在劳动关系，从而间接支持合同的存在。工资发放记录显示了企业向员工支付工资的情况，工作证上通常印有员工的姓名、职位等信息，考勤记录则能体现员工的工作时间和出勤情况。
寻求证人证言
- 如果有同事或其他目击者见证了合同的签订过程，他们的证言将具有重要价值。证人可以提供关于合同签订过程的详细描述，增加合同的可信度。
考虑司法鉴定
- 如果通过上述方式仍无法有效证明合同的签订，企业可以考虑通过司法鉴定来确定合同上的签字是否为该员工所签。司法鉴定是一种科学、权威的手段，能够通过专业的技术和方法来对签字的真伪进行鉴定。
法律途径解决争议
- 如果员工仍然不承认签订了合同，且企业无法通过其他方式证明合同的存在，那么企业可以依据相关法律法规，如《劳动合同法》，通过劳动仲裁或诉讼等途径来解决争议。劳动仲裁机构或法院会根据双方提供的证据和法律规定进行公正裁决。
在处理此类问题时，企业需要注意以下几点：
- 保留好所有相关证据：包括合同文本、通讯记录、工资发放记录等，以备不时之需。
- 及时与员工沟通：尝试了解员工不承认签订合同的原因，看是否能够通过协商解决问题。
- 遵循法律程序：在处理争议时，要遵循法律程序，确保企业的权益得到合法保护。
如果有任何进一步的疑问或需要具体的法律建议，可以直接向我咨询。