名称款结算单只确认了金额，没有付款期限，一般不能认定已过诉讼时效。以下从不同角度对此问题进行分析：
诉讼时效的起算点
根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在名称款结算单仅确认金额而未约定付款期限的情况下，由于未明确付款时间，因此无法直接确定诉讼时效的起算点。通常，在此类情况下，诉讼时效的起算点会推迟至权利人首次向义务人主张权利时（如发送催款函、提起诉讼等），或者根据交易习惯、行业惯例等确定一个合理的付款期限，并从该期限届满之日起计算诉讼时效。
司法实践中的认定
从司法实践的角度来看，法院在处理类似案件时，通常会倾向于保护债权人的利益，避免因诉讼时效问题而使债权人丧失追偿权。例如，在工程结算单未约定付款时间的情况下，法院可能会认为，由于未明确付款期限，债权人随时有权要求债务人履行付款义务，因此诉讼时效并未开始计算，或者从债权人首次主张权利时起算。这与你提供的公域知识中的案例相吻合，即在该案例中，法院认定由于工程结算单中并未约定付款时间，因此债权人提起诉讼未超过诉讼时效。
可能的法律后果
若认定未过诉讼时效：债权人仍有权向债务人主张权利，要求债务人履行付款义务。债务人若拒绝履行，债权人可通过法律途径（如提起诉讼）追偿。
若错误认定已过诉讼时效：债权人将丧失通过法律途径追偿的权利，这将对债权人的合法权益造成损害。然而，根据现行法律规定和司法实践，这种情况在名称款结算单未约定付款期限的情况下较为罕见。
建议与措施
明确付款期限：为避免诉讼时效问题，建议在签订名称款结算单或其他类似文件时，明确约定付款期限。这样不仅可以明确双方的权利义务，还可以避免因诉讼时效问题而产生的纠纷。
及时主张权利：即使未约定付款期限，债权人也应及时向债务人主张权利，并保留相关证据（如催款函、聊天记录等）。这样可以在必要时证明自己未放弃权利，从而维护自己的合法权益。
咨询专业律师：在处理涉及诉讼时效的法律问题时，建议咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和帮助，确保债权人的合法权益得到保护。
综上所述，名称款结算单只确认了金额而没有付款期限时，一般不能认定已过诉讼时效。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。