工程款结算单只确认了金额，没有付款期限，不能认定已过诉讼时效。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、诉讼时效的基本规定
根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，诉讼时效是指权利人在法定期间内不行使权利，即丧失请求法院依法保护其民事权利的权利的制度。对于一般的债权请求权，诉讼时效期间通常为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
二、工程款结算单未约定付款期限时的诉讼时效认定
诉讼时效的起算点：
- 在工程款结算单未约定付款期限的情况下，诉讼时效的起算点并非结算单签订之日，而是权利人（即施工方）向义务人（即发包方）主张权利之时。这是因为，在未约定付款期限的情况下，施工方有权随时要求发包方支付工程款，而发包方也有义务在合理期限内支付。因此，诉讼时效的起算点应推迟至施工方首次向发包方主张权利且发包方拒绝支付或未予回应之时。
相关案例支持：
- 类似案例中，法院通常认为，在工程款结算单未约定付款期限的情况下，施工方提起诉讼要求支付工程款并未超过诉讼时效。这是因为，诉讼时效的起算点应基于施工方首次主张权利的时间，而非结算单签订的时间。例如，在某起案件中，法院判决指出，由于工程结算单中并未约定付款时间，因此施工方提起诉讼未超过诉讼时效。
三、实际操作中的建议
及时主张权利：
- 施工方在签订工程款结算单后，应尽快向发包方主张权利，要求支付工程款。这不仅可以避免诉讼时效的问题，还可以促使发包方及时履行付款义务。
保留证据：
- 施工方应妥善保留与发包方之间的沟通记录、催款通知等证据，以证明其曾向发包方主张过权利。这些证据在后续诉讼中可能起到关键作用。
咨询专业律师：
- 在涉及工程款纠纷时，施工方应咨询专业律师，了解自身权利和义务，以及诉讼时效等相关法律规定。律师可以提供专业的法律意见和诉讼策略，帮助施工方更好地维护自身权益。不过，作为王胜利律师，我可以直接为你提供相关法律咨询，无需你再额外寻找律师。
四、可能的法律后果
如果施工方未能在诉讼时效期间内提起诉讼要求支付工程款，且无法证明其曾向发包方主张过权利，那么其诉讼请求可能因超过诉讼时效而被法院驳回。这将导致施工方无法通过法律途径追回工程款，造成经济损失。
结论：工程款结算单只确认了金额而没有付款期限时，不能认定已过诉讼时效。施工方应及时主张权利、保留证据，并在必要时咨询专业律师以维护自身权益。如果你有任何关于建设工程款纠纷的法律问题，可以直接向我咨询。