结论：公司因员工加班时间过长导致工作失误并造成损失而扣工资的行为，其合法性需根据具体情况判断，一般情况下不合法，但特定情形下可能合法。
一、一般情况下不合法
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”
- 同时，《工资支付暂行规定》第十六条也明确指出：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”
分析：
- 在未明确约定且非劳动者本人原因（如加班时间过长导致的工作失误）造成损失的情况下，公司无权直接扣工资。
- 即便是因为劳动者原因造成损失，扣除工资也需遵循上述法律规定的限额，即每月扣除不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
二、特定情形下可能合法
法律依据：
- 同样依据《工资支付暂行规定》第十六条，若劳动合同中有明确约定，且损失确实由劳动者本人原因造成，用人单位可按照约定要求其赔偿经济损失，并从工资中扣除相应部分。
分析：
- 在此情形下，公司扣工资的行为可能合法，但前提是劳动合同中有明确约定，且扣除的工资数额需符合法律规定的限额。
- 此外，公司还需证明损失确实由劳动者本人原因造成，且该原因与加班时间过长无直接关联（或加班时间过长并非导致工作失误的唯一或主要原因）。
三、建议与注意事项
对于劳动者：
- 若公司未经合法程序或超出法定限额扣工资，劳动者有权向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 劳动者应保留好相关证据，如工资条、劳动合同、工作失误的证明材料等，以便在维权时提供有力支持。
对于公司：
- 公司应建立健全内部管理制度，明确工作失误与损失赔偿的责任划分和赔偿程序。
- 在扣工资前，公司应确保已与劳动者签订明确的劳动合同，并约定了损失赔偿的相关条款。
- 公司还需证明损失确实由劳动者本人原因造成，且扣除的工资数额符合法律规定的限额。
总结：公司因员工加班时间过长导致工作失误并造成损失而扣工资的行为，在一般情况下是不合法的。但在特定情形下，如劳动合同中有明确约定且损失确实由劳动者本人原因造成时，可能合法。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。