结论：员工因工作失误给公司造成损失时，公司扣除补偿款是否合法，需根据劳动合同约定、法律规定及过失性质综合判定。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定与责任认定
法律依据：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，员工因本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求其赔偿，扣除部分不得超过月工资的20%，且不得低于当地最低工资标准。
- 若劳动合同未明确约定，公司可要求员工赔偿实际损失，但需提供充分证据支持损失的具体数额。
过失程度判断：
- 故意或重大过失：若员工明知行为可能导致损害仍实施，或严重违反操作规程，公司有权要求赔偿。例如，财务人员篡改账目、操作人员不当使用设备导致损坏等。
- 一般过失：若员工已按正常流程工作，但因不可预见因素导致失误，通常无需承担全部赔偿责任。如市场变化导致的决策失误，或因外部不可抗力因素（如自然灾害）导致的损失。
二、赔偿范围与方式
赔偿范围：
- 直接损失：因员工失误直接导致的公司财产减少或费用增加，如货物损坏、修复费用等。
- 间接损失：虽非直接由员工失误引起，但因其连锁反应导致的未来利益损失。间接损失的赔偿需综合考虑多种因素，如员工过错程度、公司管理状况等，且通常难以精确计算。
赔偿方式：
- 一次性赔偿：适用于损失明确且员工有能力一次性支付的情况。
- 分期赔偿：对于数额较大、员工一次性支付困难的情况，可协商分期赔偿计划，以减轻员工经济压力。
三、公司与员工的协商及注意事项
协商解决：
- 公司应首先与员工进行友好协商，了解双方立场和诉求，寻求合理的赔偿方案。协商过程中，公司应保持公正、公平的态度，避免过度施压或侵犯员工合法权益。
注意事项：
- 合法合规：确保赔偿要求不违反法律法规，特别是扣除工资作为赔偿时需遵守相关规定，如扣除比例不得超过月工资的20%，且不得低于当地最低工资标准。
- 证据充分：提供充分的证据证明员工失误与损失之间的因果关系及损失数额。证据可以包括监控录像、工作记录、财务报表等。
- 区分过失性质：明确区分一般过失与重大过失，以确定赔偿责任。对于一般过失，公司可考虑减轻或免除员工赔偿责任；对于重大过失，公司应依法追究员工赔偿责任。
- 遵循法定程序：提前告知员工赔偿事宜并说明理由，确保处理过程的合法性。公司应书面通知员工赔偿决定，并告知员工有权提出异议或申请劳动仲裁。
四、综合分析与建议
在处理员工工作失误造成的损失赔偿问题时，公司应秉持公平、合理的原则，既要维护自身权益，也要考虑员工的实际情况。建议公司在制定内部规章制度时，明确赔偿的相关规定，以便在发生类似情况时能够有据可依。同时，加强员工培训和管理，提高员工的工作责任心和业务能力，从源头上减少工作失误的发生。在协商赔偿过程中，应注重沟通与理解，力求达成双方都能接受的解决方案。
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