结论前置：针对您提出的“名为工程保证金但实际无工程，对方出具了借条，起诉对方案由是什么”的问题，起诉的案由主要可以围绕“民间借贷纠纷”进行，同时需准备充分的证据来支持您的主张。
一、案由选择：民间借贷纠纷
法律关系定性：
- 尽管款项最初是以“工程保证金”的名义支付，但既然双方最终以借条的形式确认了债务关系，且实际并无工程发生，那么该款项的性质已转化为借款。
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，借条是证明借贷关系存在的直接证据，因此，以“民间借贷纠纷”为案由起诉是合适的。
法律依据：
- 《民法典》第六百六十七条规定：“借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。”
- 在此情况下，借条即构成了借款合同的书面形式，明确了双方的权利义务关系。
二、起诉时的关键证据与策略
借条作为核心证据：
- 借条应详细载明借款金额、借款日期、还款日期（如有约定）、利息（如有约定）及双方签字或盖章等基本信息。
- 借条的真实性、合法性及关联性将是法庭审理的重点，因此需确保借条的完整性和无篡改性。
补充证据：
- 转账记录：证明款项的实际支付情况，包括转账时间、金额、收款人等信息。
- 沟通记录：如微信聊天记录、短信、邮件等，证明双方就借款事宜的协商过程及对方承认借款的事实。
- 证人证言：如有目击者或知情人士，可请其出庭作证，增强证据链的说服力。
起诉策略：
- 明确诉讼请求：包括要求对方偿还借款本金、利息（如有约定）及可能产生的逾期利息或违约金等。
- 合理选择管辖法院：根据被告住所地或合同履行地（如借条中有约定）选择合适的法院进行起诉。
- 准备充分的法律文书：包括起诉状、证据清单及证据材料等，确保法律文书的规范性和完整性。
三、可能面临的法律风险与应对
对方抗辩：
- 对方可能抗辩称该款项并非借款，而是其他性质的款项（如投资款、预付款等）。此时，需依靠借条及补充证据来反驳对方的抗辩。
- 若对方提出借条系受胁迫或欺诈所签，需准备相关证据证明借条的自愿性和真实性。
执行风险：
- 即使获得胜诉判决，也可能面临对方无财产可供执行的风险。因此，在起诉前可考虑进行财产保全，以确保判决后能够顺利执行。
总结与建议：针对您的情况，以“民间借贷纠纷”为案由起诉对方是合适的。在起诉过程中，需准备充分的证据来支持您的主张，并合理选择管辖法院和起诉策略。同时，也要关注可能面临的法律风险，并提前做好应对准备。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。