政府采购中未明确约定付款时间，后续修改明确是否属于实质性变更，需结合具体情况判断，但通常付款时间的修改可能被视为实质性变更。以下从不同角度进行分析：
一、实质性变更的认定标准
在政府采购中，实质性变更通常指的是对招标文件规定的实质性要求和条件的修改。根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第五十一条第六项，投标文件没有对招标文件的实质性要求和条件作出响应的，评标委员会应当否决其投标。而付款时间作为合同的核心条款之一，往往被视为实质性内容。
二、付款时间修改是否构成实质性变更
招标文件明确约定付款时间为实质性条款：
- 若招标文件已明确将付款时间列为不可偏离的实质性条款，并注明任何修改将导致废标，则后续修改付款时间必然构成实质性变更，评标委员会应否决相应投标。
招标文件未明确约定付款时间为实质性条款：
- 若招标文件未明确将付款时间列为实质性条款，但付款时间涉及合同核心权利义务（如付款周期、比例、条件等），评标委员会可能结合项目情况及特点进行自由裁量。
- 在此情况下，修改付款时间是否构成实质性变更，取决于修改内容是否实质影响合同履行或公平性。例如，若修改后的付款时间显著延长，可能损害招标人利益，被视为实质性变更；若修改仅涉及细微调整，且不影响合同整体履行，则可能不被视为实质性变更。
三、实务操作建议
招标人角度：
- 在招标文件中清晰界定付款时间为实质性要求，避免模糊表述。例如，可注明“付款条款为不可偏离项，任何修改将导致废标”。
- 若付款时间非实质性条款，也应在招标文件中明确说明，以减少争议。
投标人角度：
- 严格响应招标文件规定的付款时间要求。
- 若有优化建议（如缩短付款周期），可在投标函中说明“完全接受招标条款，另附补充方案”，避免直接修改招标文件规定的付款时间。
评标委员会角度：
- 根据招标文件规定，判断未响应付款时间是否实质影响合同履行或公平性。
- 否决投标时，应书面说明具体条款及偏差内容，避免程序瑕疵。
四、法律后果
- 若修改付款时间构成实质性变更，且招标文件已明确将付款时间列为实质性条款，评标委员会应否决相应投标。
- 若修改付款时间未构成实质性变更，或招标文件未明确将付款时间列为实质性条款，评标委员会可能根据具体情况作出量化评审或要求澄清，而非直接否决投标。
总结来看，政府采购中未明确约定付款时间，后续修改明确是否属于实质性变更，需结合招标文件规定、修改内容对合同履行的影响以及评标委员会的裁量权进行综合判断。在实际操作中，建议招标人、投标人和评标委员会均遵循明确、清晰的原则，以减少争议和风险。如有具体法律问题，可直接向我咨询。