政府采购合同在以下特定情形下可以变更合同实质性条款：
法定变更情形：
- 损害国家利益和社会公共利益：根据《中华人民共和国政府采购法》第五十条，当政府采购合同的继续履行将损害国家利益和社会公共利益时，双方当事人应当变更、中止或者终止合同。例如，在采购过程中，若发现原合同标的存在严重质量问题，继续履行将危及公共安全，此时双方应协商变更合同，以确保公共利益不受损害。
- 不可抗力：因不可抗力（如自然灾害、战争等）导致合同无法继续履行或需要修订的，双方可协商变更合同，并及时报政府采购监管部门备案。例如，因地震导致原定交货地点无法使用，双方可协商变更交货地点。
协商一致变更：
- 双方协商一致且不违反法律法规：在平等、自愿的基础上，经充分协商，双方就合同条款的变更达成一致，且变更后的条款不违反法律法规的强制性规定，不损害国家利益、社会公共利益和其他当事人的合法权益。例如，因市场环境变化导致原材料价格大幅波动，双方可协商调整采购价格。
- 合同追加：在合同履行中，若采购人需要追加与合同标的相同的货物、工程或服务，且不改变合同其他条款，可与供应商签订补充合同，但补充合同的采购金额不得超过原合同金额的百分之十。这种情况下，虽然涉及合同金额的变更，但属于合同追加的特殊情形，且需遵循法定比例限制。
变更合同实质性条款的限制和要求：
- 遵循法定程序：政府采购合同的变更需经过严格的法定程序，包括相关部门的审批或备案。例如，变更合同主体需重新进行采购程序或按规定顺序确定新供应商，并办理相应手续。
- 不得实质性改变合同内容：变更不能对合同的核心条款和关键内容进行实质性改变，如采购标的的数量、质量、价格、履约期限、地点及方式等。否则，可能导致合同无效或需要重新进行采购程序。
- 符合公平、公正原则：变更过程中应确保公平、公正，保护各方的合法权益。如调整采购价格时，调整的幅度和依据应合理、公平，避免损害任何一方的利益。
变更程序：
- 协商一致：无论是何种情形的变更，都需要采购人和供应商双方协商一致，任何一方不得擅自作出变更决定。
- 审批流程：在满足变更条件的情况下，需向相关主管部门提交变更申请，并经过审批通过后才能对原采购合同进行变更。对于重大变更，可能还需经过更高级别的审批程序。
- 书面确认：变更后的合同协议应以书面形式予以确认，明确变更的内容、理由及双方的权利义务，以避免未来纠纷。
实际案例分析：
- 办公设备采购项目：在某办公设备采购项目中，因办公布局调整需要对原采购的部分办公桌尺寸进行修改。采购人与供应商进行协商，并就尺寸调整、价格变动及交货时间等达成一致意见。在确保变更内容合法合规的前提下，双方签订了补充协议，并报政府采购监管部门备案，成功完成了合同条款的修改。
- 医疗设备采购项目：在一项医疗设备采购项目中，合同签订后发现原设备存在安全隐患。为确保患者生命健康，采购人与供应商协商更换为符合安全标准的设备，并及时向政府采购监管部门报告变更情况。经监管部门批准后，双方签订了新的合同条款，有效保障了公共利益。
总结与建议：
政府采购合同的变更并非随意进行，而是需要在特定条件下遵循法定程序和原则进行。在变更合同实质性条款时，双方应充分考虑各种因素，确保变更内容的合法性和合理性。若您在政府采购合同变更过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律服务。