医疗机构一般无权单方面主动除名护士备案，但特定情形下可依法依规处理。具体分析如下：

1. 备案性质与法律约束
   护士执业备案是行政许可的后续管理行为，依据《护士条例》及地方实施细则，备案信息通常与护士执业资格、执业地点等直接关联。医疗机构作为备案信息的申报主体，虽可更新或变更备案内容（如护士离职、调岗等），但无权擅自撤销或注销护士的执业资格备案。若需变更备案状态，需基于法定事由（如护士主动申请注销、执业资格被吊销等）并履行法定程序。

2. 医疗机构可主动处理的情形

   • 护士主动离职或解除劳动关系：医疗机构可依据劳动合同法及内部规定，为护士办理离职手续并更新备案信息（如标注“已离职”），但此行为属于信息变更，而非“除名”。
     
   • 护士违反规章制度或法律：若护士存在严重违纪（如旷工、医疗事故等）或违法（如犯罪）行为，医疗机构可依据《劳动合同法》第39条解除劳动合同，并同步向卫生行政部门报告，由行政部门依法处理执业资格问题（如暂停执业、吊销执照等）。此时，备案状态可能因行政处罚而变更，但主动权在行政部门而非医疗机构。
     
   • 护士未通过定期考核：根据《护士执业注册管理办法》，护士需定期参加考核，未通过者可能被责令限期整改或注销执业注册。医疗机构可督促护士参与考核，但无权直接除名备案。

3. 违法除名的法律后果
   若医疗机构未经法定程序擅自“除名”护士备案（如伪造离职证明、虚构违纪事实等），可能面临：

   • 行政责任：卫生行政部门可依据《护士条例》第31条对医疗机构处以警告、罚款等处罚；
     
   • 民事责任：护士可要求医疗机构恢复备案信息、赔偿损失（如工资、名誉损失等）；
     
   • 刑事责任：若行为构成伪造国家机关公文、证件罪，相关责任人可能被追究刑事责任。

建议：若医疗机构拟变更护士备案状态，应严格依据《护士条例》《劳动合同法》等法规，通过合法程序（如协商解除合同、报告行政处罚等）处理，避免单方面“除名”引发法律风险。护士如遇非法除名，可向卫生行政部门投诉或通过劳动仲裁、诉讼维护权益。

如有具体案例或地方政策疑问，可进一步提供细节，我将结合法规与实务深入分析。