在农村集体土地上于厂区建房是否违法，需分情况讨论：

1. 未经审批擅自建设的情况

若未依法申请使用集体土地，也未办理集体土地转用审批手续，就在农村集体土地上建房，这种行为是违法的。根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，任何单位和个人进行建设，需要使用集体土地的，必须依法申请使用集体土地，并办理相应的审批手续。未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用集体土地建房的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地转为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

1. 依法审批后建设的情况

如果该厂房是在依法取得集体土地使用权后，按照相关规划和建设要求进行建设的，且经过了乡镇政府等相关部门的审批，办理了相应的建设手续，建设符合规定的面积、用途等要求，那么这样的厂房建设就是合法的。例如，新办乡镇企业和村民建设住宅经依法批准使用本集体经济组织农民集体所有土地的，或者乡镇村公共设施和公益事业建设经依法批准使用农民集体所有的土地的，这些情况下的建设行为就是合法的。

法律建议：

• 在计划于农村集体土地上建房前，务必了解并遵守相关的土地管理法规，确保所有建设活动都经过合法的审批程序。
• 如果不确定自己的建设行为是否合法，或者需要了解具体的审批流程和要求，建议咨询当地土地管理部门或专业律师，以获取准确的法律指导和帮助。

可能面临的法律后果：

• 如果未经审批擅自建设，可能会面临被责令退还非法占用的土地、限期拆除或没收新建的建筑物和其他设施、罚款等行政处罚。
• 如果行为构成犯罪，如非法占用农用地罪等，还可能会面临刑事责任的追究。

因此，在农村集体土地上于厂区建房是否违法，关键在于是否依法取得了必要的审批手续和符合相关规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。