和国企签订施工协议，在符合法律法规及双方真实意愿的情况下，是合法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、合同主体资格
国企作为合同主体：
- 国企作为依法设立的企业法人，具有签订合同的主体资格。只要其具备相应的民事权利能力和民事行为能力，即可作为合同的一方参与签订施工协议。
施工方作为合同主体：
- 施工方同样需要具备相应的民事权利能力和民事行为能力。对于施工企业而言，通常需要具备相应的施工资质，如建筑工程施工总承包资质、专业承包资质等。只有具备相应资质的施工企业，才能合法地承接施工项目并签订施工协议。
二、合同内容合法性
合同条款：
- 施工协议的内容应当符合法律法规的规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，合同中不得约定非法转包、违法分包等违法行为。
- 合同条款应当明确、具体，包括工程范围、建设工期、工程质量、工程造价、技术资料交付时间、材料和设备的供应责任、拨款和结算、竣工验收、质量保修范围和质量保证期、双方相互协作等条款。
合同形式：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规的规定，施工协议应当采用书面形式。书面形式有助于明确双方的权利义务，避免纠纷的发生。
三、合同签订程序
要约与承诺：
- 合同的签订需要经历要约和承诺两个阶段。要约是希望与他人订立合同的意思表示，承诺是受要约人同意要约的意思表示。在施工协议的签订过程中，国企作为发包方通常会发出招标文件或邀请函等要约邀请，施工方根据要约邀请提交投标文件等要约，国企经过评审后发出中标通知书等承诺，双方据此签订施工协议。
合同备案与审批：
- 根据相关规定，某些类型的施工项目可能需要经过备案或审批程序。例如，涉及国家安全、秘密的工程，或者大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益、公众安全的项目，可能需要经过相关部门的审批或备案。在签订施工协议前，双方应当了解并遵守相关规定。
四、法律后果
合法合同的效力：
- 如果施工协议符合法律法规的规定，且双方真实意愿一致，那么该合同具有法律效力。双方应当按照合同约定履行各自的义务，否则将承担违约责任。
违法合同的后果：
- 如果施工协议违反法律法规的规定，如存在非法转包、违法分包等违法行为，或者合同条款不明确、存在歧义等，那么该合同可能被认定为无效合同。无效合同自始没有法律约束力，双方不得基于无效合同主张权利或履行义务。同时，双方还可能因违法行为而承担行政责任或刑事责任。
建议：在签订施工协议前，双方应当充分了解相关法律法规的规定，确保合同主体资格合法、合同内容合法、合同签订程序合法。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。