仅凭开具发票不能主张工程款已付。针对这一问题，我从以下几个方面进行分析：

一. 发票的法律地位与功能

• 发票是交易双方的凭证，用于证明交易行为的发生，但它并不直接等同于付款凭证。
• 在建设工程施工合同中，发票的开具通常基于合同约定的付款条件，但开具发票本身并不证明款项已经支付。

二. 工程款支付的条件与流程

• 建设工程施工合同所涉工程款金额通常较大，且支付需严格遵循合同约定的条件。
• 实践中，付款方往往要求承包方或施工方先提交发票，然后根据发票金额支付工程款。
• 因此，发票的提交只是付款流程的一部分，并不能单独作为工程款已付的依据。

三. 法律证据的要求

• 在法律上，主张工程款已付需要提供更充分的证据，如银行流水、收款收据等，这些证据能够直接证明款项的流转和支付事实。
• 仅凭发票难以形成完整的证据链，无法充分证明工程款已经支付。

四. 合同条款的约定

• 如果合同中明确约定了“先给发票再付款”的条件，该条款可以作为“发票不代表付款”观点的有力证据。
• 如果合同中没有此类条款，建议在每次给付发票时，要求对方在发票签收单上注明“给付发票时款项尚未支付”，并由对方签字或盖章，以作为未来可能的法律纠纷中的证据。

综上所述，仅凭开具发票不能主张工程款已付。在建设工程施工合同中，主张工程款已付需要提供更充分、更直接的证据，如银行流水、收款收据等。同时，建议在合同中明确约定付款条件，或在发票签收过程中采取必要措施，以确保自身权益不受损害。如有进一步需要，您可以继续咨询我。