当公民发现政府规章与上位法（如法律、行政法规等）存在冲突时，可以按照以下步骤来处理：
一、理解冲突原则
首先，要明确一个基本原则：上位法优先于下位法。这意味着，当政府规章（下位法）与法律、行政法规等上位法发生冲突时，应当优先适用上位法的规定。
二、识别冲突类型
接下来，需要识别冲突的具体类型。根据相关法律规定，冲突可能包括以下几种情况：
- 超越权限：政府规章超出了其制定权限范围。
- 下位法违反上位法规定：政府规章的具体条款与上位法相抵触。
- 规章之间对同一事项的规定不一致：不同政府规章对同一事项的规定存在矛盾。
- 规章的规定被认为不适当：政府规章的规定不合理或不符合实际情况。
- 违背法定程序：政府规章的制定过程违反了法定程序。
三、采取应对措施
一旦识别出政府规章与上位法存在冲突，公民可以采取以下措施：
向相关部门反映：
- 公民可以向制定该规章的政府部门或其上级部门反映情况，指出规章与上位法的冲突之处，并要求其进行修正或撤销。
寻求法律救济：
- 如果公民认为政府规章的冲突对其权益造成了影响，可以寻求法律救济，如向法院提起行政诉讼，要求法院审查规章的合法性。
利用法定撤销权限：
- 根据相关法律规定，不同层级的机关有权改变或撤销不适当的规章。例如，国务院有权改变或撤销不适当的部门规章和地方政府规章；地方人民代表大会常务委员会有权撤销本级人民政府制定的不适当的规章等。公民可以通过合法途径向这些机关提出撤销或改变规章的建议。
四、参考法律依据
在处理此类问题时，公民可以参考以下法律依据：
- 《中华人民共和国立法法》：该法规定了法律、行政法规、地方性法规、自治条例和单行条例、规章的制定、修改和撤销程序，以及它们之间的效力关系。
- 具体条款：如《立法法》第八十三条（特别规定与一般规定不一致的，适用特别规定；新的规定与旧的规定不一致的，适用新的规定）、第八十七条（法律、行政法规等有下列情形之一的，由有关机关依照本法第八十八条规定的权限予以改变或者撤销）和第八十八条（改变或者撤销法律、行政法规等规章的权限）等。
五、总结与建议
总之，当公民发现政府规章与上位法存在冲突时，应首先明确上位法优先的原则，然后识别冲突类型，并采取相应的应对措施。同时，公民可以积极利用法律途径来维护自己的合法权益，促进政府规章的合法性和合理性。建议公民在遇到此类问题时，及时咨询专业律师或法律机构，以获取更具体和专业的法律建议。