当部门规章违反上位法时，通常的处理方式如下：

1. 确认违法性：首先，需要明确部门规章确实违反了上位法的具体规定。这通常涉及对上位法（如法律、行政法规）与部门规章的仔细比对，以及对相关法律原则的理解。

2. 提出异议或建议：

   • 内部机制：在政府部门内部，可以通过向上级机关或法制机构提出异议，指出部门规章与上位法的冲突之处，并建议进行修正或废止。
   • 外部监督：公民、法人或其他组织也可以依法向有关机关提出对部门规章的审查建议，要求其进行合法性审查。

3. 行政复议或行政诉讼：

   • 如果部门规章的实施对特定个体或组织产生了不利影响，并且这种不利影响是基于规章与上位法的冲突，那么受影响的个体或组织可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，请求撤销或变更违法的部门规章。
   • 在行政复议或行政诉讼过程中，复议机关或法院将会对部门规章的合法性进行审查，并作出相应的裁决。

4. 立法修正：

   • 一旦确认部门规章违反上位法，相关部门应及时启动立法程序，对规章进行修正或废止，以确保其与上位法的一致性。
   • 修正或废止部门规章的过程应遵循法定的立法程序，包括公开征求意见、专家论证、合法性审查等环节。

5. 加强监管和宣传：

   • 为防止类似情况再次发生，应加强对部门规章制定和实施的监管，确保规章的合法性和合规性。
   • 同时，也应加强法律宣传和教育，提高公众对法律体系的认知和理解，促进法治社会的建设。

综上所述，处理部门规章违反上位法的情况需要综合运用法律手段、行政手段和社会监督手段，确保法律体系的统一性和权威性。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。