结论：工程结束后工人在等待工资期间发病，老板是否有责任需根据具体情况判断，主要涉及劳动关系认定、发病与工作关联性以及老板过错程度等因素。以下从不同角度进行分析。
一、劳动关系认定是关键前提
若工人与老板存在劳动关系：
- 根据《工伤保险条例》及相关规定，若工人在工作时间和工作岗位上突发疾病死亡，或在48小时之内经抢救无效死亡，可视为工伤。但本案例中工人是在工程结束后等待工资期间发病，通常不直接认定为工伤，除非能证明发病与工作有直接关联（如长期加班导致过度劳累引发疾病）。
- 若发病与工作无直接关联，但老板存在拖欠工资等违法行为，工人可通过劳动仲裁主张工资及可能的赔偿（如因拖欠工资导致的经济损失），但老板对发病本身一般不承担直接责任。
若工人与老板为劳务关系（如临时用工）：
- 劳务关系中，老板对工人的健康和安全承担一般注意义务。若工人发病与工作无关，且老板无过错（如未提供危险工作环境、未强迫劳动等），老板对发病不承担责任。
- 若老板存在过错（如未提供安全防护措施、未及时支付劳务费导致工人生活困难等），可能需承担部分赔偿责任，但需具体分析过错与发病的因果关系。
二、发病与工作的关联性分析
直接关联：
- 若工人发病是由于长期从事高强度工程作业导致身体损伤（如腰椎间盘突出、心脏病等），且能提供医疗证明，可能主张老板承担部分责任。但需证明发病与工作的直接因果关系，难度较大。
间接关联：
- 若工人因老板拖欠工资导致生活压力增大、情绪焦虑，进而引发疾病，可能主张老板承担一定精神损害赔偿。但此类主张需充分证据支持，且法律上对精神损害赔偿的认定较为严格。
三、老板过错程度的考量
无过错情况：
- 若老板按时支付工资、提供安全工作环境，工人发病与工作无关，老板无需承担责任。
存在过错情况：
- 若老板拖欠工资、未提供安全防护措施、强迫工人超负荷劳动等，可能需承担部分责任。具体责任范围需根据过错程度、发病原因及后果综合判断。
四、法律建议与后续行动
收集证据：
- 工人应保存与老板的沟通记录（如工资拖欠证明、工作安排记录等）、医疗证明（如病历、诊断书等），以证明发病与工作的关联性或老板的过错。
协商与调解：
- 可先与老板协商解决工资问题，并尝试就发病责任达成调解协议。若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
法律途径：
- 若涉及工伤认定，需在发病之日起1年内向当地社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 若主张老板承担赔偿责任，可向法院提起民事诉讼，需准备充分证据证明老板的过错与发病的因果关系。
总结：工程结束后工人在等待工资期间发病，老板是否有责任需根据劳动关系认定、发病与工作的关联性以及老板过错程度等因素综合判断。建议工人先收集证据，尝试协商或调解，若无法解决可寻求法律途径维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。