针对“员工擅自离开工作岗位发生安全事故”这一问题，核心前提是员工存在擅自离岗的违规行为，且该行为与后续发生的安全事故存在关联。以下分情况说明处理方式：

1. 从企业责任角度：

   • 若企业已尽到安全管理义务：例如，企业制定了完善的安全生产规章制度，对员工进行了必要的安全教育培训，且工作场所的安全设施符合标准。在此情况下，员工擅自离岗导致事故，企业一般不承担主要责任，但需配合相关部门调查，提供相关证据证明自身已履行安全管理职责。
   • 若企业未尽到安全管理义务：如企业未制定安全生产规章制度，或未对员工进行安全教育培训，或工作场所存在安全隐患未及时消除。此时，企业可能需承担部分或全部责任，具体责任比例需根据事故原因、企业过错程度等因素综合判定。

2. 从员工责任角度：

   • 员工存在重大过失：员工擅自离开工作岗位，违反了企业的规章制度和安全生产要求，且该行为直接导致了安全事故的发生。在此情况下，员工需承担主要责任，可能面临企业的内部处分（如警告、罚款、解除劳动合同等），以及根据事故后果可能承担的民事赔偿责任（如赔偿企业损失、赔偿第三方损失等）。若事故构成犯罪（如重大责任事故罪），员工还可能面临刑事责任。
   • 员工过失较小或无过失：若员工擅自离岗的行为与安全事故的发生无直接因果关系，或员工已尽到合理的注意义务（如因紧急情况需暂时离岗，且已采取必要的安全措施）。在此情况下，员工可能不承担责任或承担较小责任。

3. 处理流程建议：

   • 立即启动应急预案：企业应迅速组织救援，防止事故扩大，减少人员伤亡和财产损失。
   • 保护事故现场：企业应妥善保护事故现场，以便后续调查取证。
   • 报告相关部门：企业应及时向安全生产监督管理部门、劳动保障行政部门等报告事故情况。
   • 配合调查：企业应积极配合相关部门的调查工作，提供真实、完整的证据材料。
   • 依法处理：根据调查结果，企业应依法对涉事员工进行处理，并承担相应的法律责任。

总结：员工擅自离开工作岗位发生安全事故，处理时需综合考虑企业责任和员工责任。企业应首先确保自身已履行安全管理义务，再根据员工过错程度和事故后果依法处理。若您在此类问题上还有疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。