甲方在调解时拿出的协议书复印件，事后觉得对自己不利，开庭时又否认，这种行为是否合法，需分情况讨论：

1. 若协议书复印件真实且双方已实际履行或确认：

   • 在此情况下，即使甲方事后觉得对自己不利，开庭时否认，该否认行为通常不会被法院采纳。因为协议书复印件作为证据，若其内容真实且双方已通过实际行为（如履行协议内容）或明确确认（如签字、盖章等）表示接受，那么该协议书就具有法律效力。甲方在开庭时的否认，可能被视为对之前行为的反悔，但法律上并不支持这种反悔，除非甲方能提供充分证据证明该协议书存在欺诈、胁迫、显失公平等法定无效或可撤销的情形。

2. 若协议书复印件存在瑕疵或双方未实际履行或确认：

   • 如果协议书复印件存在内容不完整、模糊不清、有涂改等瑕疵，或者双方并未实际履行协议内容，也未通过明确方式确认协议书的效力，那么甲方在开庭时否认该协议书的效力，可能会得到法院的支持。因为在此情况下，协议书复印件的证明力较弱，无法单独作为认定案件事实的依据。甲方可以提出异议，并要求法院结合其他证据来综合判断协议书的真实性和效力。

法律建议：

• 对于甲方而言，如果确实觉得协议书对自己不利，且希望否认其效力，应当尽早收集相关证据，如证明协议书存在欺诈、胁迫、显失公平等情形的证据，或者证明双方并未实际履行协议内容的证据。在开庭时，应当如实陈述事实，并提供充分证据支持自己的主张。
• 对于乙方而言，如果希望维护协议书的效力，应当确保协议书的内容真实、完整、清晰，并尽量通过实际履行或明确确认的方式来增强协议书的证明力。在开庭时，可以提供协议书原件（如果存在）或其他相关证据来支持自己的主张。

可能的法律后果：

• 如果甲方否认协议书的效力但无法提供充分证据支持自己的主张，法院可能会认定协议书具有法律效力，并据此作出判决。这可能导致甲方需要承担不利的法律后果，如履行协议义务、支付违约金等。
• 如果甲方能够提供充分证据证明协议书存在法定无效或可撤销的情形，法院可能会认定协议书无效或可撤销，并据此作出相应的判决。这可能导致乙方无法依据协议书来主张自己的权利。

总结与进一步思考：

• 在处理合同纠纷时，协议书的真实性和效力是关键问题。双方应当尽量确保协议书的内容真实、完整、清晰，并通过实际履行或明确确认的方式来增强其证明力。
• 如果在调解或协商过程中产生了协议书复印件等证据材料，双方应当妥善保管并注意其法律效力。在开庭时，应当如实陈述事实并提供充分证据支持自己的主张。
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