施工许可证未办理而现场已施工的情况下，工程资料不能简单地按照实际情况来处理。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律合规性角度
施工许可证的法定性：
- 根据相关法律法规，进行建筑工程施工前，必须依法取得施工许可证。这是确保工程合法进行、保障各方权益的重要措施。
未办理施工许可证的后果：
- 如果未办理施工许可证而擅自施工，这属于违法行为。相关部门有权责令停止施工，并可能处以罚款等行政处罚。
- 在此情况下，即使工程已经做了鉴定，也不能改变其违法施工的事实。工程资料若按照实际情况来处理，可能涉及掩盖违法行为，从而引发更严重的法律后果。
二、工程资料的真实性与合法性角度
工程资料的真实性：
- 工程资料应真实反映工程的实际情况，包括设计、施工、验收等各个环节。这是确保工程质量、保障工程安全的基础。
工程资料的合法性：
- 然而，在未办理施工许可证的情况下，工程资料的合法性受到质疑。即使资料内容真实，但由于其基于违法施工行为，因此不能简单地按照实际情况来处理。
- 正确的做法应该是，先依法补办施工许可证，确保工程的合法性，然后再根据合法施工的实际情况来整理和提交工程资料。
三、实际操作与风险防范角度
补办施工许可证的必要性：
- 对于已经违法施工的工程，应尽快补办施工许可证，以符合法律法规的要求。这是避免进一步法律风险、确保工程顺利进行的必要步骤。
工程资料的整理与提交：
- 在补办施工许可证后，应根据合法施工的实际情况来整理和提交工程资料。这包括但不限于施工图纸、施工记录、验收报告等。
- 同时，应确保工程资料的完整性和准确性，以便在后续的工程验收、结算等环节中提供有力支持。
风险防范与应对：
- 对于因未办理施工许可证而可能引发的法律风险，应提前进行防范和应对。这包括与相关部门沟通协商、准备必要的法律文件等。
- 如果已经面临法律处罚或纠纷，应及时寻求专业法律帮助，以维护自身合法权益。
建议：在未办理施工许可证的情况下，不要擅自按照实际情况来处理工程资料。而应先依法补办施工许可证，确保工程的合法性，然后再根据合法施工的实际情况来整理和提交工程资料。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。