因天气原因迟到扣工资是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
合法情形
规章制度明确且合法：
- 若用人单位的规章制度中已明确规定，在极端天气等特殊情况下，员工迟到的处理方式（包括是否扣工资、扣多少等），并且这些规定是通过民主程序制定、向劳动者公示过的，那么按照规章制度执行扣工资可能是合法的。
- 关键点：规章制度的合法性（包括制定程序和内容的合法性）是判断扣工资是否合法的重要依据。
员工同意或认可：
- 如果员工在入职时或事后明确同意或认可了因天气原因迟到扣工资的条款，并且这种同意或认可是自愿的、没有受到胁迫或欺诈，那么扣工资也可能是合法的。
不合法情形
不可预见且无法提前告知：
- 极端天气具有突发性和不可预测性，如员工因此类原因迟到且无法提前通知单位，用人单位扣工资则可能不合法。因为这属于不可抗力因素，员工无法控制。
规章制度不合法或缺失：
- 若用人单位没有相关规章制度，或规章制度未依法制定（如未经民主程序）、未公示，则以极端天气迟到为由扣工资缺乏法律依据，属不合法行为。
扣工资数额不合理：
- 即便规章制度中有相关规定，扣工资的数额也需合理。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。若扣工资数额超过此限制，则可能不合法。
劳动者应对策略
面对因天气原因被扣工资的情况，劳动者可以采取以下措施来维护自身权益：
与用人单位沟通协商：
- 首先尝试与用人单位沟通，说明因天气原因迟到的情况，并要求返还扣除的工资。如果用人单位同意，则问题得到解决。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门反映情况，请求其介入调查并处理。
申请劳动仲裁：
- 如无法通过协商或投诉解决，劳动者可以申请劳动仲裁，由仲裁机构进行裁决。
提起诉讼：
- 在必要时，劳动者还可以选择向法院提起诉讼，以法律手段维护自己的合法权益。
特别提醒：如遇气象灾害红色预警等极端天气情况导致的误工，根据相关政策，用人单位不应将此视为迟到、缺勤，更不得扣减工资福利或以其他方式惩罚员工。在此类情况下，员工应及时与单位沟通实际情况，确保不被错误处理。
综上所述，因天气原因迟到扣工资是否合法，需根据用人单位的规章制度、扣工资的数额以及具体情况来判断。劳动者在面对此类问题时，应了解自己的权利和义务，采取适当的措施来维护自身的合法权益。如果您有任何法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。