工程公司委托材料公司收款开票是否合法，需结合具体情况判断，但核心原则是“收谁的款，开谁的发票”，且委托收款授权书仅为企业间债权债务转移，税务部门并不因此认可发票开具主体的变更。以下从不同角度进行详细分析：
合法情形
符合税务规定与合同约定：
- 若工程公司与材料公司之间存在明确的委托收款及开票协议，且该协议符合税务部门的相关规定，同时在实际操作中，工程公司能够确保款项的流转和发票的开具均符合税法要求，那么这种委托收款开票的行为是合法的。
- 例如，工程公司因业务需要，委托材料公司代为收取某笔工程款项，并同时委托材料公司开具相应金额的发票。在此情况下，若工程公司、材料公司及付款方三方均对此有明确约定，且该约定不违反税法规定，则此行为合法。
当地税务局代为开具发票：
- 根据相关规定，合法情况下，可到当地税务局代为开具发票。若工程公司委托材料公司收款后，由材料公司到当地税务局代为开具以工程公司为抬头的发票，且该行为符合税务局的代开发票规定，那么这种行为也是合法的。
违法情形
违反“收谁的款，开谁的发票”原则：
- 税务部门通常遵循“收谁的款，开谁的发票”的原则。若工程公司委托材料公司收款，但材料公司却以自己的名义开具发票给付款方，而工程公司并未在发票上体现，这种行为可能违反税法规定，构成虚开发票等违法行为。
委托收款授权书不被税务部门认可：
- 委托收款授权书仅仅只是企业与企业之间的债权债务转移，税务部门并不因此认可发票开具主体的变更。若工程公司仅通过委托收款授权书试图改变发票的开具主体，而未获得税务部门的明确认可，那么这种行为可能被视为违法。
法律建议
明确合同约定：
- 工程公司在委托材料公司收款开票前，应与材料公司签订明确的委托合同，约定收款、开票的具体流程、责任划分及违约责任等，以确保双方权益得到保障。
遵守税法规定：
- 工程公司应确保委托收款开票的行为符合税法规定，避免因违反税法而面临罚款、滞纳金等法律责任。
咨询税务部门：
- 在实际操作前，工程公司可咨询当地税务部门，了解委托收款开票的具体规定和要求，以确保行为的合法性。
若工程公司在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。我将根据具体情况，提供专业、全面的法律服务。